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タイトルStructural basis for receptor binding and broader interspecies receptor recognition of currently circulating Omicron sub-variants.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4405, Year 2023
掲載日2023年7月21日
著者Zhennan Zhao / Yufeng Xie / Bin Bai / Chunliang Luo / Jingya Zhou / Weiwei Li / Yumin Meng / Linjie Li / Dedong Li / Xiaomei Li / Xiaoxiong Li / Xiaoyun Wang / Junqing Sun / Zepeng Xu / Yeping Sun / Wei Zhang / Zheng Fan / Xin Zhao / Linhuan Wu / Juncai Ma / Odel Y Li / Guijun Shang / Yan Chai / Kefang Liu / Peiyi Wang / George F Gao / Jianxun Qi /
PubMed 要旨Multiple SARS-CoV-2 Omicron sub-variants, such as BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5, emerge one after another. BA.5 has become the dominant strain worldwide. Additionally, BA.2.75 is significantly ...Multiple SARS-CoV-2 Omicron sub-variants, such as BA.2, BA.2.12.1, BA.4, and BA.5, emerge one after another. BA.5 has become the dominant strain worldwide. Additionally, BA.2.75 is significantly increasing in some countries. Exploring their receptor binding and interspecies transmission risk is urgently needed. Herein, we examine the binding capacities of human and other 28 animal ACE2 orthologs covering nine orders towards S proteins of these sub-variants. The binding affinities between hACE2 and these sub-variants remain in the range as that of previous variants of concerns (VOCs) or interests (VOIs). Notably, R493Q reverse mutation enhances the bindings towards ACE2s from humans and many animals closely related to human life, suggesting an increased risk of cross-species transmission. Structures of S/hACE2 or RBD/hACE2 complexes for these sub-variants and BA.2 S binding to ACE2 of mouse, rat or golden hamster are determined to reveal the molecular basis for receptor binding and broader interspecies recognition.
リンクNat Commun / PubMed:37479708 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.58 - 3.29 Å
構造データ

33841

7yhw

EMDB-33841, PDB-7yhw:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

33870

7yj3

EMDB-33870, PDB-7yj3:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with human ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

34120

7yv8

EMDB-34120, PDB-7yv8:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with golden hamster ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

34138

7yvu

EMDB-34138, PDB-7yvu:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with mouse ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

34217

8gry

EMDB-34217, PDB-8gry:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with rat ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

34409

8h06

EMDB-34409, PDB-8h06:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with human ACE2 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

EMDB-34494: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with human ACE2 (three-RBD-up conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-34498: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.12.1 spike trimer in complex with human ACE2 (three-RBD-up conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-34499: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike protein in complex with mouse ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-34506: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with rat ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-34509: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 (N658S) spike trimer in complex with human ACE2 (three-RBD-up conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-34510: Cryo-EM map of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike trimer in complex with golden hamster ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

PDB-8h5c:
Structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 RBD in complex with human ACE2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • mesocricetus auratus (ネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron BA.2.12.1 / spike protein / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex / Omicron BA.2 / Omicron BA.4/5 / Omicron BA.2.75 / hACE2

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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