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タイトルStructures of +1 nucleosome-bound PIC-Mediator complex.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 378, Issue 6615, Page 62-68, Year 2022
掲載日2022年10月7日
著者Xizi Chen / Xinxin Wang / Weida Liu / Yulei Ren / Xuechun Qu / Jiabei Li / Xiaotong Yin / Yanhui Xu /
PubMed 要旨RNA polymerase II-mediated eukaryotic transcription starts with the assembly of the preinitiation complex (PIC) on core promoters. The +1 nucleosome is well positioned about 40 base pairs downstream ...RNA polymerase II-mediated eukaryotic transcription starts with the assembly of the preinitiation complex (PIC) on core promoters. The +1 nucleosome is well positioned about 40 base pairs downstream of the transcription start site (TSS) and is commonly known as a barrier of transcription. The +1 nucleosome-bound PIC-Mediator structures show that PIC-Mediator prefers binding to T40N nucleosome located 40 base pairs downstream of TSS and contacts T50N but not the T70N nucleosome. The nucleosome facilitates the organization of PIC-Mediator on the promoter by binding TFIIH subunit p52 and Mediator subunits MED19 and MED26 and may contribute to transcription initiation. PIC-Mediator exhibits multiple nucleosome-binding patterns, supporting a structural role of the +1 nucleosome in the coordination of PIC-Mediator assembly. Our study reveals the molecular mechanism of PIC-Mediator organization on chromatin and underscores the significance of the +1 nucleosome in regulating transcription initiation.
リンクScience / PubMed:36201575
手法EM (単粒子)
解像度4.16 - 15.18 Å
構造データ

EMDB-33867: PIC-Mediator (MED26-mut) in complex with +1 nucleosome (T40N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.58 Å

EMDB-33885: PIC-Mediator (MED19-mut) in complex with +1 nucleosome (T40N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.18 Å

EMDB-33886: PIC-Mediator (MED19-MED26 double mutant) in complex with +1 nucleosome (T40N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.85 Å

EMDB-34215: PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T50N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.12 Å

EMDB-34255: PIC-Mediator (p52-mut) in complex with +1 nucleosome (T40N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-34256: PIC-Mediator in complex with +1 H2A-containing nucleosome (T40N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.84 Å

EMDB-34257: PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T70N)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.45 Å

34359

8gxq

EMDB-34359, PDB-8gxq:
PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.04 Å

34360

8gxs

EMDB-34360, PDB-8gxs:
PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードTRANSCRIPTION / PIC / Mediator / transcription initiation / +1 nucleosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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