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タイトルCryo-EM structures of human SPCA1a reveal the mechanism of Ca/Mn transport into the Golgi apparatus.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 9, Page eadd9742, Year 2023
掲載日2023年3月3日
著者Zhenghao Chen / Satoshi Watanabe / Hironori Hashida / Michio Inoue / Yasukazu Daigaku / Masahide Kikkawa / Kenji Inaba /
PubMed 要旨Secretory pathway Ca/Mn ATPase 1 (SPCA1) actively transports cytosolic Ca and Mn into the Golgi lumen, playing a crucial role in cellular calcium and manganese homeostasis. Detrimental mutations of ...Secretory pathway Ca/Mn ATPase 1 (SPCA1) actively transports cytosolic Ca and Mn into the Golgi lumen, playing a crucial role in cellular calcium and manganese homeostasis. Detrimental mutations of the gene encoding SPCA1 cause Hailey-Hailey disease. Here, using nanobody/megabody technologies, we determined cryo-electron microscopy structures of human SPCA1a in the ATP and Ca/Mn-bound (E1-ATP) state and the metal-free phosphorylated (E2P) state at 3.1- to 3.3-Å resolutions. The structures revealed that Ca and Mn share the same metal ion-binding pocket with similar but notably different coordination geometries in the transmembrane domain, corresponding to the second Ca-binding site in sarco/endoplasmic reticulum Ca-ATPase (SERCA). In the E1-ATP to E2P transition, SPCA1a undergoes similar domain rearrangements to those of SERCA. Meanwhile, SPCA1a shows larger conformational and positional flexibility of the second and sixth transmembrane helices, possibly explaining its wider metal ion specificity. These structural findings illuminate the unique mechanisms of SPCA1a-mediated Ca/Mn transport.
リンクSci Adv / PubMed:36867705 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.3 Å
構造データ

33711

7yag

EMDB-33711, PDB-7yag:
CryoEM structure of SPCA1a in E1-Ca-AMPPCP state subclass 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

33712

7yah

EMDB-33712, PDB-7yah:
CryoEM structure of SPCA1a in E1-Ca-AMPPCP state subclass 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

33713

7yai

EMDB-33713, PDB-7yai:
CryoEM structure of SPCA1a in E1-Ca-AMPPCP state subclass 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

33714

7yaj

EMDB-33714, PDB-7yaj:
CryoEM structure of SPCA1a in E1-Mn-AMPPCP state subclass 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

33717

7yam

EMDB-33717, PDB-7yam:
CryoEM structure of SPCA1a in E2P state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • vicugna pacos (アルパカ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Golgi Ca2+/Mn2+ transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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