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タイトルTLR3 forms a highly organized cluster when bound to a poly(I:C) RNA ligand.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 6876, Year 2022
掲載日2022年11月12日
著者Chan Seok Lim / Yoon Ha Jang / Ga Young Lee / Gu Min Han / Hye Jin Jeong / Ji Won Kim / Jie-Oh Lee /
PubMed 要旨Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to ...Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to a 46-base pair RNA ligand. However, this short RNA fails to initiate a robust immune response. To obtain structural insights into the length dependency of TLR3 ligands, we determine the cryo-electron microscopy structure of full-length TLR3 in a complex with a synthetic RNA ligand with an average length of ~400 base pairs. In the structure, the dimeric TLR3 units are clustered along the double-stranded RNA helix in a highly organized and cooperative fashion with a uniform inter-dimer spacing of 103 angstroms. The intracellular and transmembrane domains are dispensable for the clustering because their deletion does not interfere with the cluster formation. Our structural observation suggests that ligand-induced clustering of TLR3 dimers triggers the ordered assembly of intracellular signaling adaptors and initiates a robust innate immune response.
リンクNat Commun / PubMed:36371424 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.26 - 13.2 Å
構造データ

32844

7wv3

EMDB-32844, PDB-7wv3:
Toll-like receptor3 linear cluster
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.26 Å

32845

7wv4

EMDB-32845, PDB-7wv4:
ectoTLR3-poly(I:C) cluster
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

32846

7wv5

EMDB-32846, PDB-7wv5:
ectoTLR3-poly(I:C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

32851

7wve

EMDB-32851, PDB-7wve:
CT-mut (D523K,D524K,E527K) TLR3-poly(I:C) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

32852

7wvf

EMDB-32852, PDB-7wvf:
ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

32853

7wvj

EMDB-32853, PDB-7wvj:
NT-mut(K117D,K139D,K145D) TLR3 -poly I:C complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-34361: TLR3(A795H)-poly(I:C) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.47 Å

EMDB-34367: TLR3-mAb12-poly(I:C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Human (ヒト)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / Toll-like receptor / dsRNA / Innate immunity / Receptor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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