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タイトルAsymmetric reconstruction of mammalian reovirus reveals interactions among RNA, transcriptional factor µ2 and capsid proteins.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4176, Year 2021
掲載日2021年7月7日
著者Muchen Pan / Ana L Alvarez-Cabrera / Joon S Kang / Lihua Wang / Chunhai Fan / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious ...Mammalian reovirus (MRV) is the prototypical member of genus Orthoreovirus of family Reoviridae. However, lacking high-resolution structures of its RNA polymerase cofactor μ2 and infectious particle, limits understanding of molecular interactions among proteins and RNA, and their contributions to virion assembly and RNA transcription. Here, we report the 3.3 Å-resolution asymmetric reconstruction of transcribing MRV and in situ atomic models of its capsid proteins, the asymmetrically attached RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) λ3, and RdRp-bound nucleoside triphosphatase μ2 with a unique RNA-binding domain. We reveal molecular interactions among virion proteins and genomic and messenger RNA. Polymerase complexes in three Spinoreovirinae subfamily members are organized with different pseudo-D symmetries to engage their highly diversified genomes. The above interactions and those between symmetry-mismatched receptor-binding σ1 trimers and RNA-capping λ2 pentamers balance competing needs of capsid assembly, external protein removal, and allosteric triggering of endogenous RNA transcription, before, during and after infection, respectively.
リンクNat Commun / PubMed:34234134 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 8.6 Å
構造データ

31183

7elh

EMDB-31183, PDB-7elh:
In situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid shell protein of mammalian reovirus at initiation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

31184

7ell

EMDB-31184, PDB-7ell:
In situ structure of capping enzyme lambda2, penetration protein mu1 of mammalian reovirus capsid asymmetric unit.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-31187:
Asymmetric ISVP of Mammalian reovirus 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-31188:
Icosahedral ISVP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

由来
  • mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
  • mammalian orthoreovirus 3 dearing (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSFERASE/RNA / asymmetric / mu2 / lambda3 / lambda1 / VIRUS / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex / VIRAL PROTEIN/TRANSFERASE / mammalian reovirus 3 / capping enzyme lambda2 / penetration protein mu1 / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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