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タイトルCryo-EM structure of the CENP-A nucleosome in complex with phosphorylated CENP-C.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 40, Issue 5, Page e105671, Year 2021
掲載日2021年3月1日
著者Mariko Ariyoshi / Fumiaki Makino / Reito Watanabe / Reiko Nakagawa / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Yasuhiro Arimura / Risa Fujita / Hitoshi Kurumizaka / Ei-Ichi Okumura / Masatoshi Hara / Tatsuo Fukagawa /
PubMed 要旨The CENP-A nucleosome is a key structure for kinetochore assembly. Once the CENP-A nucleosome is established in the centromere, additional proteins recognize the CENP-A nucleosome to form a ...The CENP-A nucleosome is a key structure for kinetochore assembly. Once the CENP-A nucleosome is established in the centromere, additional proteins recognize the CENP-A nucleosome to form a kinetochore. CENP-C and CENP-N are CENP-A binding proteins. We previously demonstrated that vertebrate CENP-C binding to the CENP-A nucleosome is regulated by CDK1-mediated CENP-C phosphorylation. However, it is still unknown how the phosphorylation of CENP-C regulates its binding to CENP-A. It is also not completely understood how and whether CENP-C and CENP-N act together on the CENP-A nucleosome. Here, using cryo-electron microscopy (cryo-EM) in combination with biochemical approaches, we reveal a stable CENP-A nucleosome-binding mode of CENP-C through unique regions. The chicken CENP-C structure bound to the CENP-A nucleosome is stabilized by an intramolecular link through the phosphorylated CENP-C residue. The stable CENP-A-CENP-C complex excludes CENP-N from the CENP-A nucleosome. These findings provide mechanistic insights into the dynamic kinetochore assembly regulated by CDK1-mediated CENP-C phosphorylation.
リンクEMBO J / PubMed:33463726 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 7.8 Å
構造データ

30237

7bxt

EMDB-30237, PDB-7bxt:
The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C peptide and CENP-N N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

30239

7by0

EMDB-30239, PDB-7by0:
The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with the phosphorylated CENP-C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-30240:
The cryo-EM density map of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C C-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-30241:
The cryo-EM density map of CENP-A nucleosome in complex with asymmetric CENP-C C-terminal domain and CENP-N N-terminal domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

由来
  • Ectocarpus siliculosus (ソトミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • synthetic construct (人工物)
  • unidentified cloning vector (未定義)
キーワードCELL CYCLE/DNA / CENP-A nucleosome / CENP-C / CENP-N / complex / kinetochore (動原体) / NUCLEAR PROTEIN / CELL CYCLE-DNA complex / CELL CYCLE (細胞周期)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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