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Structure paper

タイトルStructural Basis for pri-miRNA Recognition by Drosha.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 78, Issue 3, Page 423-433.e5, Year 2020
掲載日2020年5月7日
著者Wenxing Jin / Jia Wang / Chao-Pei Liu / Hong-Wei Wang / Rui-Ming Xu /
PubMed 要旨A commencing and critical step in miRNA biogenesis involves processing of pri-miRNAs in the nucleus by Microprocessor. An important, but not completely understood, question is how Drosha, the ...A commencing and critical step in miRNA biogenesis involves processing of pri-miRNAs in the nucleus by Microprocessor. An important, but not completely understood, question is how Drosha, the catalytic subunit of Microprocessor, binds pri-miRNAs and correctly specifies cleavage sites. Here we report the cryoelectron microscopy structures of the Drosha-DGCR8 complex with and without a pri-miRNA. The RNA-bound structure provides direct visualization of the tertiary structure of pri-miRNA and shows that a helix hairpin in the extended PAZ domain and the mobile basic (MB) helix in the RNase IIIa domain of Drosha coordinate to recognize the single-stranded to double-stranded junction of RNA, whereas the dsRNA binding domain makes extensive contacts with the RNA stem. Furthermore, the RNA-free structure reveals an autoinhibitory conformation of the PAZ helix hairpin. These findings provide mechanistic insights into pri-miRNA cleavage site selection and conformational dynamics governing pri-miRNA recognition by the catalytic component of Microprocessor.
リンクMol Cell / PubMed:32220645
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 4.2 Å
構造データ

30005

6lxd

EMDB-30005: pri-miRNA bound DROSHA-DGCR8 complex
PDB-6lxd: Pri-miRNA bound DROSHA-DGCR8 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

30006

6lxe

EMDB-30006, PDB-6lxe:
DROSHA-DGCR8 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE/RNA BINDING PROTEIN/RNA / Ribonuclease / RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / HYDROLASE/RNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-RNA BINDING PROTEIN complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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