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タイトルOlfactomedin-1 Has a V-shaped Disulfide-linked Tetrameric Structure.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 290, Issue 24, Page 15092-15101, Year 2015
掲載日2015年6月12日
著者Matti F Pronker / Trusanne G A A Bos / Thomas H Sharp / Dominique M E Thies-Weesie / Bert J C Janssen /
PubMed 要旨Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system ...Olfactomedin-1 (Olfm1; also known as noelin and pancortin) is a member of the olfactomedin domain-containing superfamily and a highly expressed neuronal glycoprotein important for nervous system development. It binds a number of secreted proteins and cell surface-bound receptors to induce cell signaling processes. Using a combined approach of x-ray crystallography, solution scattering, analytical ultracentrifugation, and electron microscopy we determined that full-length Olfm1 forms disulfide-linked tetramers with a distinctive V-shaped architecture. The base of the "V" is formed by two disulfide-linked dimeric N-terminal domains. Each of the two V legs consists of a parallel dimeric disulfide-linked coiled coil with a C-terminal β-propeller dimer at the tips. This agrees with our crystal structure of a C-terminal coiled-coil segment and β-propeller combination (Olfm1(coil-Olf)) that reveals a disulfide-linked dimeric arrangement with the β-propeller top faces in an outward exposed orientation. Similar to its family member myocilin, Olfm1 is stabilized by calcium. The dimer-of-dimers architecture suggests a role for Olfm1 in clustering receptors to regulate signaling and sheds light on the conformation of several other olfactomedin domain family members.
リンクJ Biol Chem / PubMed:25903135 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron) / EM (トモグラフィー) / X線回折
解像度2.4 Å
構造データ

SASDAS7:
mouse olfactomedin-1 (Noelin, Olfactomedin-1)
手法: SAXS/SANS

EMDB-2940:
Structural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2941:
Structural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2942:
Structural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2943:
Structural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2944:
Structural characterization of the Olfactomedin-1 disulfide-linked tetramer
手法: EM (トモグラフィー)

PDB-5amo:
Structure of a mouse Olfactomedin-1 disulfide-linked dimer of the Olfactomedin domain and part of the coiled coil
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / OLFM1 / DISULFIDE / NEUROBIOLOGY / DEVELOPMENT / AMPA RECEPTOR / BETA PROPELLER

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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