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タイトルArchitecture of Human IgM in Complex with P. falciparum Erythrocyte Membrane Protein 1.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 14, Issue 4, Page 723-736, Year 2016
掲載日2016年2月2日
著者Reetesh Raj Akhouri / Suchi Goel / Hirotoshi Furusho / Ulf Skoglund / Mats Wahlgren /
PubMed 要旨Plasmodium falciparum virulence is associated with sequestration of infected erythrocytes. Microvascular binding mediated by PfEMP1 in complex with non-immune immunoglobulin M (IgM) is common among ...Plasmodium falciparum virulence is associated with sequestration of infected erythrocytes. Microvascular binding mediated by PfEMP1 in complex with non-immune immunoglobulin M (IgM) is common among parasites that cause both severe childhood malaria and pregnancy-associated malaria. Here, we present cryo-molecular electron tomography structures of human IgM, PfEMP1 and their complex. Three-dimensional reconstructions of IgM reveal that it has a dome-like core, randomly oriented Fab2s units, and the overall shape of a turtle. PfEMP1 is a C- shaped molecule with a flexible N terminus followed by an arc-shaped backbone and a bulky C terminus that interacts with IgM. Our data demonstrate that the PfEMP1 binding pockets on IgM overlap with those of C1q, and the bulkiness of PfEMP1 limits the capacity of IgM to interact with PfEMP1. We suggest that P. falciparum exploits IgM to cluster PfEMP1 into an organized matrix to augment its affinity to host cell receptors.
リンクCell Rep / PubMed:26776517
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度20.0 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-2882:
Cryo-Molecular electron tomography of NTS-DBL1alphaCIDRgamma (N-terminal domain of PfEMP1-IT4Var60)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2883:
Cryo-Molecular electron tomography of NTS-DBL1alphaCIDRgamma (N-terminal domain of PfEMP1-IT4Var60)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2884:
Cryo-Molecular electron tomography of PfEMP1-IT4Var60)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2885:
Cryo-Molecular electron tomography of PfEMP1-IT4Var60)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2886:
Cryo-Molecular electron tomography of PfEMP1-IT4Var60)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2887:
Cryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pentameric IgM
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-2888:
Cryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pentameric IgM
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2889:
Cryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pentameric IgM
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2890:
Cryo-Molecular electron tomography of human non-immune soluble pentameric IgM
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2891:
Cryo-Molecular electron tomography of complex of human non-immune soluble pentameric IgM and PfEMP1-IT4Var60 in 1:1 ratio
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2892:
Cryo-Molecular electron tomography of complex of human non-immune soluble pentameric IgM and PfEMP1-IT4Var60 in 1:1 ratio
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2893:
Cryo-Molecular electron tomography of complex of human non-immune soluble pentameric IgM and PfEMP1-IT4Var60 in 1:1 ratio
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-2894:
Cryo-Molecular electron tomography of complex of human non-immune soluble pentameric IgM and PfEMP1-IT4Var60 in 1:2 ratio
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-2895:
Cryo-Molecular electron tomography of complex of human non-immune soluble pentameric IgM and PfEMP1-IT4Var60 in 1:2 ratio
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-6554:
Cryo-Molecular electron tomography of IgM
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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