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タイトルStructural and functional insights into Spns2-mediated transport of sphingosine-1-phosphate.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 12, Page 2644-2655.e16, Year 2023
掲載日2023年6月8日
著者Hongwen Chen / Shahbaz Ahmed / Hongtu Zhao / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Yaxin Dai / Jae Hun Kim / Jeffrey G McDonald / Xiaochun Li / Chia-Hsueh Lee /
PubMed 要旨Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster homolog 2 (Spns2) is an S1P transporter that exports S1P to initiate lipid signaling cascades. Modulating Spns2 activity can be beneficial in treatments of cancer, inflammation, and immune diseases. However, the transport mechanism of Spns2 and its inhibition remain unclear. Here, we present six cryo-EM structures of human Spns2 in lipid nanodiscs, including two functionally relevant intermediate conformations that link the inward- and outward-facing states, to reveal the structural basis of the S1P transport cycle. Functional analyses suggest that Spns2 exports S1P via facilitated diffusion, a mechanism distinct from other MFS lipid transporters. Finally, we show that the Spns2 inhibitor 16d attenuates the transport activity by locking Spns2 in the inward-facing state. Our work sheds light on Spns2-mediated S1P transport and aids the development of advanced Spns2 inhibitors.
リンクCell / PubMed:37224812 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 - 4.17 Å
構造データ

EMDB-28650, PDB-8ex4:
Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation (state 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-28651, PDB-8ex5:
Human S1P transporter Spns2 in an outward-facing open conformation (state 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

EMDB-28652, PDB-8ex6:
Human S1P transporter Spns2 in an inward-facing open conformation (state 1*)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-28653, PDB-8ex7:
Human S1P transporter Spns2 in an outward-facing partially occluded conformation (state 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-28654, PDB-8ex8:
Human S1P transporter Spns2 in an outward-facing partially occluded conformation (state 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.17 Å

EMDB-29860, PDB-8g92:
Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-S1P:
(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate / りん酸(2S,3R)-2-アミノ-3-ヒドロキシ-4-オクタデセニル

ChemComp-YUX:
3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / IMMUNE SYSTEM / SPNS2 / Sphingosine-1-phosphate / major facilitator superfamily

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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