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Structure paper

タイトルResting mitochondrial complex I from adopts a helix-locked state.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 12, Year 2023
掲載日2023年3月23日
著者Abhilash Padavannil / Anjaneyulu Murari / Shauna-Kay Rhooms / Edward Owusu-Ansah / James A Letts /
PubMed 要旨Respiratory complex I is a proton-pumping oxidoreductase key to bioenergetic metabolism. Biochemical studies have found a divide in the behavior of complex I in metazoans that aligns with the ...Respiratory complex I is a proton-pumping oxidoreductase key to bioenergetic metabolism. Biochemical studies have found a divide in the behavior of complex I in metazoans that aligns with the evolutionary split between Protostomia and Deuterostomia. Complex I from Deuterostomia including mammals can adopt a biochemically defined off-pathway 'deactive' state, whereas complex I from Protostomia cannot. The presence of off-pathway states complicates the interpretation of structural results and has led to considerable mechanistic debate. Here, we report the structure of mitochondrial complex I from the thoracic muscles of the model protostome . We show that although complex I (-CI) does not have a NEM-sensitive deactive state, it does show slow activation kinetics indicative of an off-pathway resting state. The resting-state structure of -CI from the thoracic muscle reveals multiple conformations. We identify a helix-locked state in which an N-terminal α-helix on the NDUFS4 subunit wedges between the peripheral and membrane arms. Comparison of the -CI structure and conformational states to those observed in bacteria, yeast, and mammals provides insight into the roles of subunits across organisms, explains why the -CI off-pathway resting state is NEM insensitive, and raises questions regarding current mechanistic models of complex I turnover.
リンクElife / PubMed:36952377 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.4 Å
構造データ

28581

8esw

EMDB-28581, PDB-8esw:
Structure of mitochondrial complex I from Drosophila melanogaster, Flexible-class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

28582

8esz

EMDB-28582, PDB-8esz:
Structure of mitochondrial complex I from Drosophila melanogaster, Helix-locked state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-DGT:
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

ChemComp-WSF:
(2R)-3-{[(S)-hydroxy(3-methylbutoxy)phosphoryl]oxy}-2-(octanoyloxy)propyl decanoate

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • fruit fly (キイロショウジョウバエ)
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH:ubiquinone oxidoreductase / TRANSLOCASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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