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- PDB-8esz: Structure of mitochondrial complex I from Drosophila melanogaster... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8esz
タイトルStructure of mitochondrial complex I from Drosophila melanogaster, Helix-locked state
要素
  • (NADH dehydrogenase ...NADHデヒドロゲナーゼ) x 29
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Complex I-49kD
  • GEO11417p1
  • LD31474p
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
  • RH45008p
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / TRANSLOCASE (輸送酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Respiratory electron transport / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / NADHデヒドロゲナーゼ / regulation of terminal button organization / protein lipoylation / Neutrophil degranulation / ubiquinone-6 biosynthetic process ...Mitochondrial protein import / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Respiratory electron transport / Complex I biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / NADHデヒドロゲナーゼ / regulation of terminal button organization / protein lipoylation / Neutrophil degranulation / ubiquinone-6 biosynthetic process / 細胞呼吸 / acyl binding / electron transport coupled proton transport / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / acyl carrier activity / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / reactive oxygen species metabolic process / response to reactive oxygen species / determination of adult lifespan / ミトコンドリア / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / protein-containing complex binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質
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類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Padavannil, A. / Letts, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137929 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Resting mitochondrial complex I from adopts a helix-locked state.
著者: Abhilash Padavannil / Anjaneyulu Murari / Shauna-Kay Rhooms / Edward Owusu-Ansah / James A Letts /
要旨: Respiratory complex I is a proton-pumping oxidoreductase key to bioenergetic metabolism. Biochemical studies have found a divide in the behavior of complex I in metazoans that aligns with the ...Respiratory complex I is a proton-pumping oxidoreductase key to bioenergetic metabolism. Biochemical studies have found a divide in the behavior of complex I in metazoans that aligns with the evolutionary split between Protostomia and Deuterostomia. Complex I from Deuterostomia including mammals can adopt a biochemically defined off-pathway 'deactive' state, whereas complex I from Protostomia cannot. The presence of off-pathway states complicates the interpretation of structural results and has led to considerable mechanistic debate. Here, we report the structure of mitochondrial complex I from the thoracic muscles of the model protostome . We show that although complex I (-CI) does not have a NEM-sensitive deactive state, it does show slow activation kinetics indicative of an off-pathway resting state. The resting-state structure of -CI from the thoracic muscle reveals multiple conformations. We identify a helix-locked state in which an N-terminal α-helix on the NDUFS4 subunit wedges between the peripheral and membrane arms. Comparison of the -CI structure and conformational states to those observed in bacteria, yeast, and mammals provides insight into the roles of subunits across organisms, explains why the -CI off-pathway resting state is NEM insensitive, and raises questions regarding current mechanistic models of complex I turnover.
履歴
登録2022年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AN: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
S6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S1: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
S3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
V2: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A
S7: LD31474p
S8: NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
A1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
AO: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
S5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
AM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
BL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
B6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
B4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
B7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
B5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
B9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
BM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
B8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
B3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
AC: Acyl carrier protein, mitochondrial
C2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
B1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
S4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
A9: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit, isoform A
B2: GEO11417p1
S2: Complex I-49kD
V3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
A7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
A3: RH45008p
4L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
A5: NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
A6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
AB: Acyl carrier protein, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,074,286111
ポリマ－1,026,98943
非ポリマー47,29868
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
NADH dehydrogenase ... , 29種, 29分子 ANS6S3V2S8A8A1AOS5AMBLB6B4B7B5B9BMB8B3C2B1S4A9V3V1A7A5ALA6

#1: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 16848.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VQD7
#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 14383.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VMU0
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 30 kDa subunit


分子量: 30013.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VZU4, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#5: タンパク質 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit / isoform B


分子量: 26814.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VX36
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 23 kDa subunit


分子量: 24609.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VF27, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 19873.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W125
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / Complex I-MWFE / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit


分子量: 14878.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A8DYC4
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13


分子量: 17773.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W402
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / Complex I-15 kDa / NADH-ubiquinone oxidoreductase 15 kDa subunit


分子量: 12015.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7K1C0
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / Complex I-B14.7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.7


分子量: 18433.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7JYH3
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10


分子量: 18946.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VQR2
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 19025.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V3W2
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Complex I-B15 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit


分子量: 13157.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6IDF5
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7


分子量: 13905.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VXZ0
#20: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / Complex I-SGDH / NADH-ubiquinone oxidoreductase SGDH subunit


分子量: 22065.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VTU2
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9


分子量: 17416.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VJZ4
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / Complex I-ESSS / NADH-ubiquinone oxidoreductase ESSS subunit


分子量: 16988.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V3L7
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 20229.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W3X7
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-B12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit


分子量: 12113.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W2E8
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 12925.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VQM2
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex I-MNLL / NADH-ubiquinone oxidoreductase MNLL subunit


分子量: 6232.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W3N7
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 20710.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VWI0
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit, isoform A / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 39 kDa subunit / isoform B / TB01457p1


分子量: 46891.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VPE2, NADHデヒドロゲナーゼ
#32: タンパク質・ペプチド NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 51898.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VMI3, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#35: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Complex I-B14.5a / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a


分子量: 11562.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O97418
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 13 kDa B subunit / RH11203p


分子量: 13808.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VTB4, NADHデヒドロゲナーゼ
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Complex I-42kD / CI-42kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 42 kDa subunit


分子量: 46955.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P91929
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Complex I-B14 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B14 subunit


分子量: 14921.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7JZK1

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タンパク質 , 6種, 7分子 S1S7ACABB2S2A3

#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Complex I-75kD / CI-75kD


分子量: 78724.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q94511, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#6: タンパク質 LD31474p / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 20 kDa subunit / isoform A / isoform B / isoform C


分子量: 24622.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VXK7
#25: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase acyl-carrier subunit


分子量: 17257.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q94519
#30: タンパク質 GEO11417p1 / NADH dehydrogenase (Ubiquinone) AGGG subunit / isoform A / isoform B / RH18150p


分子量: 10758.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7PL91
#31: タンパク質 Complex I-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52985.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9V4E0
#36: タンパク質 RH45008p / Uncharacterized protein / isoform A / isoform B


分子量: 8412.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9W380

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 14524L63

#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 36383.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: C7DZL9, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#9: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 51383.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9MDK5, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5


分子量: 65777.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: C7DZL4, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39839.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P03896, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#37: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 11363.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P18934, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#38: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 20083.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P18933, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#39: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13572.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P18930, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

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非ポリマー , 15種, 68分子

#43: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#44: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 790.145 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#45: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#46: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#47: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#48: 化合物...
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#50: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#51: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#52: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#53: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#54: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#55: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#56: 化合物 ChemComp-WSF / (2R)-3-{[(S)-hydroxy(3-methylbutoxy)phosphoryl]oxy}-2-(octanoyloxy)propyl decanoate


分子量: 522.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H51O8P
#57: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP / デオキシグアノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial complex I from the thoracic muscle of Drosophila melanogasterNADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#24, #26-#42, #25 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 293389 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00569385
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94493563
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.52710914
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0699945
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00811682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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