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タイトルStructural conservation of Lassa virus glycoproteins and recognition by neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 42, Issue 5, Page 112524, Year 2023
掲載日2023年5月30日
著者Hailee R Perrett / Philip J M Brouwer / Jonathan Hurtado / Maddy L Newby / Lin Liu / Helena Müller-Kräuter / Sarah Müller Aguirre / Judith A Burger / Joey H Bouhuijs / Grace Gibson / Terrence Messmer / John S Schieffelin / Aleksandar Antanasijevic / Geert-Jan Boons / Thomas Strecker / Max Crispin / Rogier W Sanders / Bryan Briney / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Lassa fever is an acute hemorrhagic fever caused by the zoonotic Lassa virus (LASV). The LASV glycoprotein complex (GPC) mediates viral entry and is the sole target for neutralizing antibodies. ...Lassa fever is an acute hemorrhagic fever caused by the zoonotic Lassa virus (LASV). The LASV glycoprotein complex (GPC) mediates viral entry and is the sole target for neutralizing antibodies. Immunogen design is complicated by the metastable nature of recombinant GPCs and the antigenic differences among phylogenetically distinct LASV lineages. Despite the sequence diversity of the GPC, structures of most lineages are lacking. We present the development and characterization of prefusion-stabilized, trimeric GPCs of LASV lineages II, V, and VII, revealing structural conservation despite sequence diversity. High-resolution structures and biophysical characterization of the GPC in complex with GP1-A-specific antibodies suggest their neutralization mechanisms. Finally, we present the isolation and characterization of a trimer-preferring neutralizing antibody belonging to the GPC-B competition group with an epitope that spans adjacent protomers and includes the fusion peptide. Our work provides molecular detail information on LASV antigenic diversity and will guide efforts to design pan-LASV vaccines.
リンクCell Rep / PubMed:37209096 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 3.81 Å
構造データ

28178

8ejd

EMDB-28178, PDB-8ejd:
Structure of lineage IV Lassa virus glycoprotein complex (strain Josiah)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

28179

8eje

EMDB-28179, PDB-8eje:
Structure of lineage II Lassa virus glycoprotein complex (strain NIG08-A41)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

28180

8ejf

EMDB-28180, PDB-8ejf:
Structure of lineage V Lassa virus glycoprotein complex (strain Soromba-R)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

28181

8ejg

EMDB-28181, PDB-8ejg:
Structure of lineage VII Lassa virus glycoprotein complex (strain Togo/2016/7082)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

28182

8ejh

EMDB-28182, PDB-8ejh:
Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 12.1F Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

28183

8eji

EMDB-28183, PDB-8eji:
Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to 19.7E Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.81 Å

28184

8ejj

EMDB-28184, PDB-8ejj:
Lassa virus glycoprotein complex (Josiah) bound to S370.7 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

由来
  • lassa mammarenavirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein complex / Lassa mammarenavirus / LASV / GPC / immune system / viral fusion protein / Lassa virus / lineage IV / Josiah / lineage II / NIG08-A41 / lineage V / Soromba-R / lineage VI / Togo/2016/7082 / 12.1F / 19.7E / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / S370.7 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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