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タイトルA human monoclonal antibody binds within the poliovirus receptor-binding site to neutralize all three serotypes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 6335, Year 2023
掲載日2023年10月10日
著者Andrew J Charnesky / Julia E Faust / Hyunwook Lee / Rama Devudu Puligedda / Daniel J Goetschius / Nadia M DiNunno / Vaskar Thapa / Carol M Bator / Sung Hyun Joseph Cho / Rahnuma Wahid / Kutub Mahmood / Scott Dessain / Konstantin M Chumakov / Amy Rosenfeld / Susan L Hafenstein /
PubMed 要旨Global eradication of poliovirus remains elusive, and it is critical to develop next generation vaccines and antivirals. In support of this goal, we map the epitope of human monoclonal antibody 9H2 ...Global eradication of poliovirus remains elusive, and it is critical to develop next generation vaccines and antivirals. In support of this goal, we map the epitope of human monoclonal antibody 9H2 which is able to neutralize the three serotypes of poliovirus. Using cryo-EM we solve the near-atomic structures of 9H2 fragments (Fab) bound to capsids of poliovirus serotypes 1, 2, and 3. The Fab-virus complexes show that Fab interacts with the same binding mode for each serotype and at the same angle of interaction relative to the capsid surface. For each of the Fab-virus complexes, we find that the binding site overlaps with the poliovirus receptor (PVR) binding site and maps across and into a depression in the capsid called the canyon. No conformational changes to the capsid are induced by Fab binding for any complex. Competition binding experiments between 9H2 and PVR reveal that 9H2 impedes receptor binding. Thus, 9H2 outcompetes the receptor to neutralize poliovirus. The ability to neutralize all three serotypes, coupled with the critical importance of the conserved receptor binding site make 9H2 an attractive antiviral candidate for future development.
リンクNat Commun / PubMed:37816742 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.15 Å
構造データ

27943

8e8l

EMDB-27943, PDB-8e8l:
9H2 Fab-poliovirus 1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

27947

8e8r

EMDB-27947, PDB-8e8r:
9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

27948

8e8s

EMDB-27948, PDB-8e8s:
9H2 Fab-poliovirus 2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

27949

8e8x

EMDB-27949, PDB-8e8x:
9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

27950

8e8y

EMDB-27950, PDB-8e8y:
9H2 Fab-Sabin poliovirus 2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

27951

8e8z

EMDB-27951, PDB-8e8z:
9H2 Fab-Sabin poliovirus 1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

化合物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • human poliovirus 1 mahoney (ポリオウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human poliovirus 3 strain sabin (ポリオウイルス)
  • poliovirus 2 (ポリオウイルス)
  • human poliovirus 2 strain sabin (ポリオウイルス)
  • human poliovirus 1 strain sabin (ポリオウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Complex / Fab / poliovirus / neutralizing / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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