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- EMDB-27947: 9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27947
タイトル9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex
マップデータCryosparc sharpened
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: 9H2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 9H2 Fab light chain
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードComplex / Fab / poliovirus / neutralizing / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Charnesky AJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD026822-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI107121-01 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1135787 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A human monoclonal antibody binds within the poliovirus receptor-binding site to neutralize all three serotypes.
著者: Andrew J Charnesky / Julia E Faust / Hyunwook Lee / Rama Devudu Puligedda / Daniel J Goetschius / Nadia M DiNunno / Vaskar Thapa / Carol M Bator / Sung Hyun Joseph Cho / Rahnuma Wahid / Kutub ...著者: Andrew J Charnesky / Julia E Faust / Hyunwook Lee / Rama Devudu Puligedda / Daniel J Goetschius / Nadia M DiNunno / Vaskar Thapa / Carol M Bator / Sung Hyun Joseph Cho / Rahnuma Wahid / Kutub Mahmood / Scott Dessain / Konstantin M Chumakov / Amy Rosenfeld / Susan L Hafenstein /
要旨: Global eradication of poliovirus remains elusive, and it is critical to develop next generation vaccines and antivirals. In support of this goal, we map the epitope of human monoclonal antibody 9H2 ...Global eradication of poliovirus remains elusive, and it is critical to develop next generation vaccines and antivirals. In support of this goal, we map the epitope of human monoclonal antibody 9H2 which is able to neutralize the three serotypes of poliovirus. Using cryo-EM we solve the near-atomic structures of 9H2 fragments (Fab) bound to capsids of poliovirus serotypes 1, 2, and 3. The Fab-virus complexes show that Fab interacts with the same binding mode for each serotype and at the same angle of interaction relative to the capsid surface. For each of the Fab-virus complexes, we find that the binding site overlaps with the poliovirus receptor (PVR) binding site and maps across and into a depression in the capsid called the canyon. No conformational changes to the capsid are induced by Fab binding for any complex. Competition binding experiments between 9H2 and PVR reveal that 9H2 impedes receptor binding. Thus, 9H2 outcompetes the receptor to neutralize poliovirus. The ability to neutralize all three serotypes, coupled with the critical importance of the conserved receptor binding site make 9H2 an attractive antiviral candidate for future development.
履歴
登録2022年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27947.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å		1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å		1.2 Å/pix.
x 560 pix.
= 672. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-4.4760528 - 8.224112999999999
平均 (標準偏差)0.012612721 (±0.327273)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-280-280-280
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 672.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened

ファイルemd_27947_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_27947_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_27947_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 3 strain Sabin

全体名称: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
    • タンパク質・ペプチド: 9H2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 9H2 Fab light chain
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: Human poliovirus 3 strain Sabin

超分子名称: Human poliovirus 3 strain Sabin / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / NCBI-ID: 270338 / 生物種: Human poliovirus 3 strain Sabin / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
株: Sabin
分子量理論値: 31.358221 KDa
配列文字列: QDSLPDTKAS GPAHSKEVPA LTAVETGATN PLAPSDTVQT RHVVQRRSRS ESTIESFFAR GACVAIIEVD NEQPTTRAQK LFAMWRITY KDTVQLRRKL EFFTYSRFDM EFTFVVTANF TNANNGHALN QVYQIMYIPP GAPTPKSWDD YTWQTSSNPS I FYTYGAAP ...文字列:
QDSLPDTKAS GPAHSKEVPA LTAVETGATN PLAPSDTVQT RHVVQRRSRS ESTIESFFAR GACVAIIEVD NEQPTTRAQK LFAMWRITY KDTVQLRRKL EFFTYSRFDM EFTFVVTANF TNANNGHALN QVYQIMYIPP GAPTPKSWDD YTWQTSSNPS I FYTYGAAP ARISVPYVGL ANAYSHFYDG FAKVPLKTDA NDQIGDSLYS AMTVDDFGVL AVRVVNDHNP TKVTSKVRIY MK PKHVRVW CPRPPRAVPY YGPGVDYRNN LDPLSEKGLT TY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
株: Sabin
分子量理論値: 29.412111 KDa
配列文字列: YSDRVLQLTL GNSTITTQEA ANSVVAYGRW PEFIRDDEAN PVDQPTEPDV ATCRFYTLDT VMWGKESKGW WWKLPDALRD MGLFGQNMY YHYLGRSGYT VHVQCNASKF HQGALGVFAI PEYCLAGDSD KQRYTSYANA NPGERGGKFY SQFNKDNAVT S PKREFCPV ...文字列:
YSDRVLQLTL GNSTITTQEA ANSVVAYGRW PEFIRDDEAN PVDQPTEPDV ATCRFYTLDT VMWGKESKGW WWKLPDALRD MGLFGQNMY YHYLGRSGYT VHVQCNASKF HQGALGVFAI PEYCLAGDSD KQRYTSYANA NPGERGGKFY SQFNKDNAVT S PKREFCPV DYLLGCGVLL GNAFVYPHQI INLRTNNSAT IVLPYVNALA IDSMVKHNNW GIAILPLSPL DFAQDSSVEI PI TVTIAPM CSEFNGLRNV TAPKFQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
株: Sabin
分子量理論値: 25.950723 KDa
配列文字列: GLPVLNTPGS NQYLTSDNHQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLEST KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCLSLSP AFDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV ...文字列:
GLPVLNTPGS NQYLTSDNHQ SPCAIPEFDV TPPIDIPGEV KNMMELAEID TMIPLNLEST KRNTMDMYRV TLSDSADLSQ PILCLSLSP AFDPRLSHTM LGEVLNYYTH WAGSLKFTFL FCGSMMATGK ILVAYAPPGA QPPTSRKEAM LGTHVIWDLG L QSSCTMVV PWISNVTYRQ TTQDSFTEGG YISMFYQTRI VVPLSTPKSM SMLGFVSACN DFSVRLLRDT THISQSA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 strain Sabin (ポリオウイルス)
株: Sabin
分子量理論値: 7.320917 KDa
配列文字列:
GAQVSSQKVG AHENSNRAYG GSTINYTTIN YYKDSASNAA SKQDYSQDPS KFTEPLKDVL IKTAPALN

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: 9H2 Fab heavy chain

分子名称: 9H2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.052716 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LVQSGAELKK PGASVKFSCQ ASGFTFTTYD IHWVRQAPGQ GLEWMGMISP SRDSTIYAQK FQGRVTMTSD TSTSTVYMEL TSLRSEDTA LYYCATASRP SAWVFRSLYT YYYMDVWGTG TTVTVSS

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分子 #6: 9H2 Fab light chain

分子名称: 9H2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.738903 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTITDIG YYNYVSWYQQ HPGKAPKLII FDVTNRPSGV SDRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEGDYY CFSHRSNNIR VFGGGTKLTV L

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分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84951
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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