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タイトルCraspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 377, Issue 6612, Page 1278-1285, Year 2022
掲載日2022年9月16日
著者Chunyi Hu / Sam P B van Beljouw / Ki Hyun Nam / Gabriel Schuler / Fran Ding / Yanru Cui / Alicia Rodríguez-Molina / Anna C Haagsma / Menno Valk / Martin Pabst / Stan J J Brouns / Ailong Ke /
PubMed 要旨The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron ...The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron microscopy snapshots of Craspase to explain its target RNA cleavage and protease activation mechanisms. Target-guide pairing extending into the 5' region of the guide RNA displaces a gating loop in gRAMP, which triggers an extensive conformational relay that allosterically aligns the protease catalytic dyad and opens an amino acid side-chain-binding pocket. We further define Csx30 as the endogenous protein substrate that is site-specifically proteolyzed by RNA-activated Craspase. This protease activity is switched off by target RNA cleavage by gRAMP and is not activated by RNA targets containing a matching protospacer flanking sequence. We thus conclude that Craspase is a target RNA-activated protease with self-regulatory capacity.
リンクScience / PubMed:36007061 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 3.8 Å
構造データ

27252

8d8n

EMDB-27252, PDB-8d8n:
gRAMP non-match PFS target RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

27257

8d97

EMDB-27257, PDB-8d97:
Apo gRAMP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

27259

8d9e

EMDB-27259, PDB-8d9e:
gRAMP-match PFS target
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

27260

8d9f

EMDB-27260, PDB-8d9f:
gRAMP-TPR-CHAT (Craspase)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

27261

8d9g

EMDB-27261, PDB-8d9g:
gRAMP-TPR-CHAT Non match PFS target RNA(Craspase)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

27262

8d9h

EMDB-27262, PDB-8d9h:
gRAMP-TPR-CHAT match PFS target RNA(Craspase)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

27263

8d9i

EMDB-27263, PDB-8d9i:
gRAMP non-matching PFS-with Mg
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

由来
  • candidatus scalindua brodae (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR (CRISPR) / GRAMP / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Craspase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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