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Structure paper

タイトルStructure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 3, Page 296-308, Year 2023
掲載日2023年2月13日
著者Sun Kyung Kim / Miles Sasha Dickinson / Janet Finer-Moore / Ziqiang Guan / Robyn M Kaake / Ignacia Echeverria / Jen Chen / Ernst H Pulido / Andrej Sali / Nevan J Krogan / Oren S Rosenberg / Robert M Stroud /
PubMed 要旨The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug ...The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug development. Polyketide synthase 13 (Pks13) is a module encoding several enzymatic and transport functions that carries out the condensation of two different long-chain fatty acids to produce mycolic acids. We determined structures by cryogenic-electron microscopy of dimeric multi-enzyme Pks13 purified from mycobacteria under normal growth conditions, captured with native substrates. Structures define the ketosynthase (KS), linker and acyl transferase (AT) domains at 1.8 Å resolution and two alternative locations of the N-terminal acyl carrier protein. These structures suggest intermediate states on the pathway for substrate delivery to the KS domain. Other domains, visible at lower resolution, are flexible relative to the KS-AT core. The chemical structures of three bound endogenous long-chain fatty acid substrates were determined by electrospray ionization mass spectrometry.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36782050 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.94 - 3.1 Å
構造データ

26574

7uk4

EMDB-26574, PDB-7uk4:
KS-AT di-domain of mycobacterial Pks13 with endogenous KS ligand bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.94 Å

27002

8cuy

EMDB-27002, PDB-8cuy:
ACP1-KS-AT domains of mycobacterial Pks13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

27003

8cuz

EMDB-27003, PDB-8cuz:
KS-AT domains of mycobacterial Pks13 with inward AT conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

27004

8cv0

EMDB-27004, PDB-8cv0:
KS-AT domains of mycobacterial Pks13 with outward AT conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

27005

8cv1

EMDB-27005, PDB-8cv1:
ACP1-KS-AT domains of mycobacterial Pks13
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

由来
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 155 (バクテリア)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / mycolic acid synthesis / ketosynthase / acyltransferase / multi-domain assembly / acyl carrier protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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