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- EMDB-27003: KS-AT domains of mycobacterial Pks13 with inward AT conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27003
タイトルKS-AT domains of mycobacterial Pks13 with inward AT conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT conformation
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase PKS13
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
キーワードmycolic acid synthesis / ketosynthase / acyltransferase / multi-domain assembly / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioesterase / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase ...Thioesterase / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase PKS13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Kim SK / Dickinson MS / Finer-Moore JS / Rosenberg OS / Stroud RM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI095208 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI128214 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM24485 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13.
著者: Sun Kyung Kim / Miles Sasha Dickinson / Janet Finer-Moore / Ziqiang Guan / Robyn M Kaake / Ignacia Echeverria / Jen Chen / Ernst H Pulido / Andrej Sali / Nevan J Krogan / Oren S Rosenberg / Robert M Stroud /
要旨: The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug ...The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug development. Polyketide synthase 13 (Pks13) is a module encoding several enzymatic and transport functions that carries out the condensation of two different long-chain fatty acids to produce mycolic acids. We determined structures by cryogenic-electron microscopy of dimeric multi-enzyme Pks13 purified from mycobacteria under normal growth conditions, captured with native substrates. Structures define the ketosynthase (KS), linker and acyl transferase (AT) domains at 1.8 Å resolution and two alternative locations of the N-terminal acyl carrier protein. These structures suggest intermediate states on the pathway for substrate delivery to the KS domain. Other domains, visible at lower resolution, are flexible relative to the KS-AT core. The chemical structures of three bound endogenous long-chain fatty acid substrates were determined by electrospray ionization mass spectrometry.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年6月21日-
現状2023年6月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 219.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0126
最小 - 最大-0.013924925 - 0.05428307
平均 (標準偏差)-0.000063613705 (±0.0015358019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ386386386
Spacing386386386
セルA=B=C: 322.31 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer modified map recommended contour at 0.0292

ファイルemd_27003_additional_1.map
注釈DeepEMhancer modified map recommended contour at 0.0292
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 27003 additional 2.map

ファイルemd_27003_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27003_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27003_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT...

全体名称: Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT conformation
要素
  • 複合体: Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT conformation
    • タンパク質・ペプチド: Polyketide synthase PKS13
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND

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超分子 #1: Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT...

超分子名称: Mycobacterial polyketide synthase 13 KS-AT domains with inward AT conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP ...詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13.
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Polyketide synthase PKS13

分子名称: Polyketide synthase PKS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 194.668203 KDa
配列文字列: MTVNEMREWL RNWVANATGQ SADAIDESTP MVELGLSSRD AVAMASDIED LTGVTLTATV AFRHPTIESL ATVIIEGEPE PEPYDEDED WSRTRDVEDI AIVGVATRFP GDLNTPDEMW EALLEGKDCV TDLPEDRWTE FLDEPRIAER VKKARTRGGY L TDIKGFDS ...文字列:
MTVNEMREWL RNWVANATGQ SADAIDESTP MVELGLSSRD AVAMASDIED LTGVTLTATV AFRHPTIESL ATVIIEGEPE PEPYDEDED WSRTRDVEDI AIVGVATRFP GDLNTPDEMW EALLEGKDCV TDLPEDRWTE FLDEPRIAER VKKARTRGGY L TDIKGFDS EFFALSKMEA DNIDPQQRMA LELTWEALEH ARIPASSLRG ESVGVYIGSS TNDYSFLAMS DPSIAHPYAI TG TASSIIA NRVSYFYDFR GPSVAVDTAC SSSLVATHQG VQALRAGEAD VAIVGGVNAL VTPLVTVGFD EVGGVLAPDG RIK SFSSDA DGYARSEGGG MLVLKRISDA RRDGDQILAV IAGSAVNHDG RSNGLLAPNP DAQAEVLRKA YKDAGINPRD VDYI EAHGT GTILGDPIEA DALGRIVGKG RPADKPALLG AVKSNLGHLE SAAGAASLAK MTLALANDKL PPSINYAGPN PYIDF EKER LKVNDTVSDW PRYSGKAIAG VSGFGFGGAN AHVVMREVLA GDLVEPEPEP EPEAKPEKSE ADAVYVGGVR MDEYGE FID EDEPAEGGDA YPSYDEDSYE LPGITEAAQR LLEQAREELE AKEAEEPTKQ LVPLAVSAFL TSRKRQAAAE LADWIDS PE GRASSLESIG RSLSRRNHGR SRAVVLAHDH DEAIKGLRAL AEGKQHPSVL SADGPVTNGP VWVLAGFGAQ HRKMGKSL Y LRNEVFAEWI NKVDALIQDE RGYSILELIL DDNVDYTDAT CEYPIEVVQL VIFAIQIALG ELLRHHGAKP AAVVGQSLG EAAASYFAGG LSLADATRTI CSRSHLMGEG EAMLFGEYIR LMALVEYSAD EIKTVFSDYP DLEVCVYAAP TQTVIGGPPD QVDAIIARA ESEGKFARKF QTKGASHTQQ MDPLLGELAA ELQGIEPKPL TTGYFSTVHE GTFIRPGSAP IHDVDYWKKG L RHSVYFTQ GIRNAVDNGH TTFLELAPNP VALMQVGLTT ASAGLHDAQL IATLARKQDE VESMISAMAQ LYVHGHDLDF RT LFPRRSK GLAGALDFAN IPPTRFKRKE HWLPAHFTGD SSAVMPGNHV ATPDGRHVWE FVPRGKTDLA ALVKAAAAQV LPD AKLAAF EQRAVPADNA RLVTTLTRHP GGATVQVHAR VEESFTLVYD AIVARANGAG VTALPVAVGA GVAVSGDVAG EGAG ASVIE DDEPDAEILQ DNLTAGAGMG ADFQKWDPNS GETIGQRLGT IVGAAMGYEP EDLPWEVPLI ELGLDSLMAV RIKNR VEYD FDLPPIQLTA VRDANLYNVE ELIRYAIEHR DEVEQIAESQ KGKTAEEIAA EQSELLGGAS TVAELEAKLA EAGHPL AAK DSEDSENSED NAAGAAAAAE ASAVEGLEIP PPPTDPTGPG GAPIPPPPSD PSGPAQAASA TDAPAGTVNK ATAAAAA AK VLTQEAVTEA LGADVPPRDA AERVTFATWA IVTGKSPGGI FNELPTVSEE TAKKMAERLS ERAEGTITVE DVLGAKTI E GLATIVREQL EEGVVDGFVR TLRPPKEGSN AVPLFVFHPA GGSTVVYEPL MKRLPADVPV YGLERVEGSI EERAAEYVP KLLEMHKGPF VLAGWSLGGA LAYACAIGLK QSGADVRFVG LIDTVLPGEP IDQSKEGMRA RWDRYARFAE RTFNVEIPAI PYEELEKLD DEGQVKYVLE IVKESGVQIP GGIIEHQRTS YLDNRALDTV DIKPYDGHVT LYMADRYHDD AIVFEPAYAT R KPDGGWGS FVSDLEVVHI GGEHIQAIDE PYIAKVGAHM SEALNRIEAQ ASKEDGAK

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分子 #2: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: UNL
分子量理論値: 312.53 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
150.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids ...詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids and blotted for 9 s with Whatman 1 filter paper at max humidity and 10oC in a FEI Mark IV Vitrobot, before vitrification in liquid nitrogen-cooled liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7567 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4400000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 123116
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8cuz:
KS-AT domains of mycobacterial Pks13 with inward AT conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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