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タイトルStructural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 4, Page 574-588.e11, Year 2023
掲載日2023年2月16日
著者Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
PubMed 要旨Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription.
リンクMol Cell / PubMed:36731470 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.3 - 36.0 Å
構造データ

26542

7ui9

EMDB-26542, PDB-7ui9:
Core Mediator-PICearly (Copy A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

26543

7uic

EMDB-26543, PDB-7uic:
Mediator-PIC Early (Tail A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

26544

7uif

EMDB-26544, PDB-7uif:
Mediator-PIC Early (Core B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

26545

7uig

EMDB-26545, PDB-7uig:
Mediator-PIC Early (Mediator A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

26547

7uik

EMDB-26547, PDB-7uik:
Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

26548

7uil

EMDB-26548, PDB-7uil:
Mediator-PIC Early (Tail A/B Dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

26551

7uio

EMDB-26551, PDB-7uio:
Mediator-PIC Early (Composite Model)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-28023: Dimerized Mediator-PIC with early GTFs and TFIIE on a divergent promoter
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-28024: Dimerized Mediator PIC with early GTFs on a divergent promoter
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-THR:
THREONINE / トレオニン

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSCRIPTION / Divergent transcription / Mediator / RNA Polymerase II / PIC / Pre-Initiation / Activation / Transcription Factor / Gal4 / Gal4VP16

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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