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Structure paper

タイトルToward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 41, Issue 13, Page 111876, Year 2022
掲載日2022年12月27日
著者Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu /
PubMed 要旨The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level.
リンクCell Rep / PubMed:36577381 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.28 - 3.32 Å
構造データ

26350

7u5h

EMDB-26350, PDB-7u5h:
Cryo-EM Structure of DNPEP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

26351

7u5i

EMDB-26351, PDB-7u5i:
Cryo-EM Structure of Mitochondrial Creatine Kinase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

26352

7u5j

EMDB-26352, PDB-7u5j:
Cryo-EM Structure of ALDOA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

26353

7u5k

EMDB-26353, PDB-7u5k:
Cryo-EM Structure of DPYSL2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

26354

7u5l

EMDB-26354, PDB-7u5l:
Cryo-EM Structure of Ferritin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

26355

7u5m

EMDB-26355, PDB-7u5m:
Cryo-EM Structure of GAPDH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.28 Å

26356

7u5n

EMDB-26356, PDB-7u5n:
Cryo-EM Structure of Glutamine Synthetase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / DNPEP / aminopeptidase / tetrahedral Symmetry / TRANSFERASE / CK / creatine kinase / mitochondrial / LYASE / ALDOA / fructose-bisphosphate aldolase / aldolase / NEUROPEPTIDE / DPYSL2 / dihydropyrimidinase-related protein 2 / METAL BINDING PROTEIN / ferritin / FTH1 / GAPDH / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GS / glutamine synthetase / GLUL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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