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タイトルStructure of a TRAPPII-Rab11 activation intermediate reveals GTPase substrate selection mechanisms.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 19, Page eabn7446, Year 2022
掲載日2022年5月13日
著者Saket R Bagde / J Christopher Fromme /
PubMed 要旨Rab1 and Rab11 are essential regulators of the eukaryotic secretory and endocytic recycling pathways. The transport protein particle (TRAPP) complexes activate these guanosine triphosphatases via ...Rab1 and Rab11 are essential regulators of the eukaryotic secretory and endocytic recycling pathways. The transport protein particle (TRAPP) complexes activate these guanosine triphosphatases via nucleotide exchange using a shared set of core subunits. The basal specificity of the TRAPP core is toward Rab1, yet the TRAPPII complex is specific for Rab11. A steric gating mechanism has been proposed to explain TRAPPII counterselection against Rab1. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the 22-subunit TRAPPII complex from budding yeast, including a TRAPPII-Rab11 nucleotide exchange intermediate. The Trs130 subunit provides a "leg" that positions the active site distal to the membrane surface, and this leg is required for steric gating. The related TRAPPIII complex is unable to activate Rab11 because of a repulsive interaction, which TRAPPII surmounts using the Trs120 subunit as a "lid" to enclose the active site. TRAPPII also adopts an open conformation enabling Rab11 to access and exit from the active site chamber.
リンクSci Adv / PubMed:35559680 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 9.2 Å
構造データ

EMDB-26221: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (consensus map of symmetric dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-26223: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-26224: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of dimer interface)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-26225: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of central region of closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-26226: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of core and Ypt32)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-26227: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Ypt32 and region around Ypt32)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-26228: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Trs130 N-terminal region, Tca17, Trs33 and Bet3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-26229: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Trs130 middle region, Tca17, Trs33 and Bet3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-26230: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Trs120 N-terminal region and Trs20)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-26231: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Trs120 middle region)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-26232: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (focused refinement of Trs65 N-terminal region, Trs130 C-terminal region, Trs120 N-terminal region, Trs20, Trs31 and Bet3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26233: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (consensus map of asymmetric dimer state A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-26234: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26235: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of closed monomer in asymmetric dimer state A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26236: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of dimer interface)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26237: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Tca17, Trs33 and Bet3 in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26238: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of core in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-26239: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs120 N-terminal region and Trs20 in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-26240: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs120 middle region in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-26241: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of central region in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26242: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs130 middle region in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26243: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs65 N-terminal region in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-26244: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs130 N-terminal region, Tca17, Trs33 and Bet3 in the open monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-26245: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of core and Ypt32 in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26246: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs120 N-terminal region and Trs20 in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-26248: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs120 middle region in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26249: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of central region of the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-26250: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs130 middle region in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-26251: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs130 middle region, Tca17, Trs33 and Bet3 in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26252: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs130 N-terminal region, Tca17, Trs33 and Bet3 in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26253: Yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (focused refinement of Trs65 N-terminal region in the closed monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-26254, PDB-7u05:
Structure of the yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-26255, PDB-7u06:
Structure of the yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/open state (composite structure)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26269: Yeast TRAPPII complex in the closed/open state (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-26270: Yeast TRAPPII complex in the closed/closed state (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-26271: Yeast TRAPPII complex in the partially open/open state (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-26272: Yeast TRAPPII complex in the closed/partially open (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

化合物

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / complex / GTPase / Guanosine Exchange Factor / GEF

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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