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タイトルStructural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 375, Issue 6583, Page 864-868, Year 2022
掲載日2022年2月25日
著者Matthew McCallum / Nadine Czudnochowski / Laura E Rosen / Samantha K Zepeda / John E Bowen / Alexandra C Walls / Kevin Hauser / Anshu Joshi / Cameron Stewart / Josh R Dillen / Abigail E Powell / Tristan I Croll / Jay Nix / Herbert W Virgin / Davide Corti / Gyorgy Snell / David Veesler /
PubMed 要旨The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant of concern evades antibody-mediated immunity that comes from vaccination or infection with earlier variants due to accumulation of numerous spike mutations. To understand the Omicron antigenic shift, we determined cryo-electron microscopy and x-ray crystal structures of the spike protein and the receptor-binding domain bound to the broadly neutralizing sarbecovirus monoclonal antibody (mAb) S309 (the parent mAb of sotrovimab) and to the human ACE2 receptor. We provide a blueprint for understanding the marked reduction of binding of other therapeutic mAbs that leads to dampened neutralizing activity. Remodeling of interactions between the Omicron receptor-binding domain and human ACE2 likely explains the enhanced affinity for the host receptor relative to the ancestral virus.
リンクScience / PubMed:35076256 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.85 - 3.3 Å
構造データ

25990

7tly

EMDB-25990: SARS-CoV-2 S B.1.529 Omicron variant (RBD + S309 Local Refinement)
PDB-7tly: SARS-CoV-2 S B.1.1.529 Omicron variant (RBD + S309 Local Refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

25991

7tlz

EMDB-25991, PDB-7tlz:
SARS-CoV-2 S NTD B.1.1.529 Omicron variant + S309 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

25992

7tm0

EMDB-25992, PDB-7tm0:
SARS-CoV-2 S B.1.1.529 Omicron variant + S309 + S2L20 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-25993:
SARS-CoV-2 S B.1.1.529 Omicron variant + S309 + S2L20 Global Refinement (Two-open RBDs and one-closed RBD)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

PDB-7tn0:
SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / omicron / receptor-binding domain / SARS-CoV-2 / covid / B.1.529 / RBD / antibody / Fab / S309 / sotrovimab / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / NTD / S2L20 / VIRUS / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / neutralizing monoclonal antibody / SARS-CoV-2 receptor human ACE2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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