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タイトルBroadly neutralizing SARS-CoV-2 antibodies through epitope-based selection from convalescent patients.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 687, Year 2023
掲載日2023年2月8日
著者Romain Rouet / Jake Y Henry / Matt D Johansen / Meghna Sobti / Harikrishnan Balachandran / David B Langley / Gregory J Walker / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Ohan Mazigi / Peter Schofield / Deborah L Burnett / Simon H J Brown / Marianne Martinello / Bernard Hudson / Nicole Gilroy / Jeffrey J Post / Anthony Kelleher / Hans-Martin Jäck / Christopher C Goodnow / Stuart G Turville / William D Rawlinson / Rowena A Bull / Alastair G Stewart / Philip M Hansbro / Daniel Christ /
PubMed 要旨Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies ...Emerging variants of concern (VOCs) are threatening to limit the effectiveness of SARS-CoV-2 monoclonal antibodies and vaccines currently used in clinical practice; broadly neutralizing antibodies and strategies for their identification are therefore urgently required. Here we demonstrate that broadly neutralizing antibodies can be isolated from peripheral blood mononuclear cells of convalescent patients using SARS-CoV-2 receptor binding domains carrying epitope-specific mutations. This is exemplified by two human antibodies, GAR05, binding to epitope class 1, and GAR12, binding to a new epitope class 6 (located between class 3 and 5). Both antibodies broadly neutralize VOCs, exceeding the potency of the clinical monoclonal sotrovimab (S309) by orders of magnitude. They also provide prophylactic and therapeutic in vivo protection of female hACE2 mice against viral challenge. Our results indicate that exposure to SARS-CoV-2 induces antibodies that maintain broad neutralization against emerging VOCs using two unique strategies: either by targeting the divergent class 1 epitope in a manner resistant to VOCs (ACE2 mimicry, as illustrated by GAR05 and mAbs P2C-1F11/S2K14); or alternatively, by targeting rare and highly conserved epitopes, such as the new class 6 epitope identified here (as illustrated by GAR12). Our results provide guidance for next generation monoclonal antibody development and vaccine design.
リンクNat Commun / PubMed:36755042 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.25 - 3.39 Å
構造データ

25699

7t5o

EMDB-25699, PDB-7t5o:
VFLIP Spike Trimer with GAR03
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-25700: VFLIP Spike Trimer with GAR05 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

PDB-7t72:
Epitope-based selection of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from convalescent patients
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.177 Å

PDB-8dxt:
Fab arm of antibody GAR12 bound to the receptor binding domain of SARS-CoV-2.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-8dxu:
Fab arms of antibodies GAR03 and 10G4 bound to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 in a 1:1:1 complex.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.728 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / spike / Fab / antibody / COVID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN / SARS-CoV2 / receptor binding domain / neutralizing / ANTIVIRAL PROTEIN / anti-CoV-2 / antibodies / convalescent patients / receptor binding domain.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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