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Structure paper

タイトルMolecular structure of an open human K channel.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 118, Issue 48, Year 2021
掲載日2021年11月30日
著者Chen Zhao / Roderick MacKinnon /
PubMed 要旨K channels are metabolic sensors that translate intracellular ATP/ADP balance into membrane excitability. The molecular composition of K includes an inward-rectifier potassium channel (Kir) and an ...K channels are metabolic sensors that translate intracellular ATP/ADP balance into membrane excitability. The molecular composition of K includes an inward-rectifier potassium channel (Kir) and an ABC transporter-like sulfonylurea receptor (SUR). Although structures of K have been determined in many conformations, in all cases, the pore in Kir is closed. Here, we describe human pancreatic K (hK) structures with an open pore at 3.1- to 4.0-Å resolution using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Pore opening is associated with coordinated structural changes within the ATP-binding site and the channel gate in Kir. Conformational changes in SUR are also observed, resulting in an area reduction of contact surfaces between SUR and Kir. We also observe that pancreatic hK exhibits the unique (among inward-rectifier channels) property of PIP-independent opening, which appears to be correlated with a docked cytoplasmic domain in the absence of PIP.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:34815345 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-24839, PDB-7s5t:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir (C166S G334D double mutant) and SUR TMD0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-24840, PDB-7s5v:
Human KATP channel in open conformation, focused on SUR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-24842, PDB-7s5x:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-24843, PDB-7s5y:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-24844, PDB-7s5z:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-24845, PDB-7s60:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-24846, PDB-7s61:
Human KATP channel in open conformation, focused on Kir and one SUR, position 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / KATP / ATP-sensitive potassium channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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