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タイトルFirst exposure to the pandemic H1N1 virus induced broadly neutralizing antibodies targeting hemagglutinin head epitopes.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 13, Issue 596, Year 2021
掲載日2021年6月2日
著者Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J Hamel / Siriruk Changrob / Nai-Ying Zheng / Min Huang / Florian Krammer / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Andrew B Ward / Patrick C Wilson /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls ...Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls memory B cells that are specific to the conserved receptor-binding site (RBS) or lateral patch epitopes of the hemagglutinin (HA) head domain. Monoclonal antibodies (mAbs) generated against these epitopes are broadly neutralizing against H1N1 viruses spanning 40 years of viral evolution and provide potent protection in vivo. Lateral patch-targeting antibodies demonstrated near universal binding to H1 viruses, and RBS-binding antibodies commonly cross-reacted with H3N2 viruses and influenza B viruses. Lateral patch-targeting mAbs were restricted to expressing the variable heavy-chain gene VH3-23 with or without the variable kappa-chain gene VK1-33 and often had a Y-x-R motif within the heavy-chain complementarity determining region 3 to make key contacts with HA. Moreover, lateral patch antibodies that used both VH3-23 and VK1-33 maintained neutralizing capability with recent pH1N1 strains that acquired mutations near the lateral patch. RBS-binding mAbs used a diverse repertoire but targeted the RBS epitope similarly and made extensive contacts with the major antigenic site Sb. Together, our data indicate that RBS- and lateral patch-targeting clones are abundant within the human memory B cell pool, and universal vaccine strategies should aim to drive antibodies against both conserved head and stalk epitopes.
リンクSci Transl Med / PubMed:34078743 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-23792, PDB-7mem:
CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of influenza virus H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-23793:
Negative stain map of monoclonal Fab SFV009 2G01 binding the RBS of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-23794:
Negative stain map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-23795:
Negative stain map of monoclonal Fab SFV019 2A06 binding the lateral patch of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-23796:
Negative stain map of monoclonal Fab SFV015 2F02 binding the lateral patch of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-23797:
Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4G02 binding the lateral patch of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-23798:
Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (strain swl a/california/04/2009 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードViral protein/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Hemagglutinin (ヘマグルチニン) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / influenza virus (オルトミクソウイルス科) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Viral protein-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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