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タイトルProcessive dynamics of the usher assembly platform during uropathogenic Escherichia coli P pilus biogenesis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 5207, Year 2021
掲載日2021年9月1日
著者Minge Du / Zuanning Yuan / Glenn T Werneburg / Nadine S Henderson / Hemil Chauhan / Amanda Kovach / Gongpu Zhao / Jessica Johl / Huilin Li / David G Thanassi /
PubMed 要旨Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and ...Uropathogenic Escherichia coli assemble surface structures termed pili or fimbriae to initiate infection of the urinary tract. P pili facilitate bacterial colonization of the kidney and pyelonephritis. P pili are assembled through the conserved chaperone-usher pathway. Much of the structural and functional understanding of the chaperone-usher pathway has been gained through investigations of type 1 pili, which promote binding to the bladder and cystitis. In contrast, the structural basis for P pilus biogenesis at the usher has remained elusive. This is in part due to the flexible and variable-length P pilus tip fiber, creating structural heterogeneity, and difficulties isolating stable P pilus assembly intermediates. Here, we circumvent these hindrances and determine cryo-electron microscopy structures of the activated PapC usher in the process of secreting two- and three-subunit P pilus assembly intermediates, revealing processive steps in P pilus biogenesis and capturing new conformational dynamics of the usher assembly machine.
リンクNat Commun / PubMed:34471127 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.6 Å
構造データ

23339

7lhg

EMDB-23339: Cryo-EM map of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the first conformation
PDB-7lhg: Cryo-EM structure of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the first conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

23340

7lhh

EMDB-23340: Cryo-EM map of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the second conformation
PDB-7lhh: Cryo-EM structure of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapG in the second conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

23341

7lhi

EMDB-23341: Cryo-EM map of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapF-PapG
PDB-7lhi: Cryo-EM structure of E. coli P pilus tip assembly intermediate PapC-PapD-PapK-PapF-PapG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードCHAPERONE / Cryo-EM / Uropathogenic Escherichia coli / chaperone-usher / P pilus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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