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Structure paper

タイトルStructural mechanism of SARS-CoV-2 neutralization by two murine antibodies targeting the RBD.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 37, Issue 4, Page 109881, Year 2021
掲載日2021年10月26日
著者John M Errico / Haiyan Zhao / Rita E Chen / Zhuoming Liu / James Brett Case / Meisheng Ma / Aaron J Schmitz / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Pei-Yong Shi / Michael S Diamond / Sean P J Whelan / Ali H Ellebedy / Daved H Fremont /
PubMed 要旨The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has necessitated the rapid development of antibody-based therapies and vaccines as countermeasures. Here, we use cryoelectron ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pandemic has necessitated the rapid development of antibody-based therapies and vaccines as countermeasures. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to characterize two protective anti-SARS-CoV-2 murine monoclonal antibodies (mAbs) in complex with the spike protein, revealing similarities between epitopes targeted by human and murine B cells. The more neutralizing mAb, 2B04, binds the receptor-binding motif (RBM) of the receptor-binding domain (RBD) and competes with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By contrast, 2H04 binds adjacent to the RBM and does not compete for ACE2 binding. Naturally occurring sequence variants of SARS-CoV-2 and corresponding neutralization escape variants selected in vitro map to our structurally defined epitopes, suggesting that SARS-CoV-2 might evade therapeutic antibodies with a limited set of mutations, underscoring the importance of combination mAb therapeutics. Finally, we show that 2B04 neutralizes SARS-CoV-2 infection by preventing ACE2 engagement, whereas 2H04 reduces host cell attachment without directly disrupting ACE2-RBM interactions, providing distinct inhibitory mechanisms used by RBD-specific mAbs.
リンクCell Rep / PubMed:34655519 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.55 Å
構造データ

22748

7k9h

EMDB-22748, PDB-7k9h:
SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2B04 (one up, two down conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

22749

7k9i

EMDB-22749, PDB-7k9i:
SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab 2B04 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22750

7k9j

EMDB-22750, PDB-7k9j:
SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2H04 (three down conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

22751

7k9k

EMDB-22751, PDB-7k9k:
SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with neutralizing Fab 2H04 (local refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-22752:
SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2B04 (two up, one down conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-22753:
SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab 2H04 (one up, two down conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Neutralizing antibody (中和抗体) / ACE2-competitive / Receptor-binding domain / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Complex / ACE2-non-competitive

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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