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タイトルRegulation of the Dot1 histone H3K79 methyltransferase by histone H4K16 acetylation.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 371, Issue 6527, Year 2021
掲載日2021年1月22日
著者Marco Igor Valencia-Sánchez / Pablo De Ioannes / Miao Wang / David M Truong / Rachel Lee / Jean-Paul Armache / Jef D Boeke / Karim-Jean Armache /
PubMed 要旨Dot1 (disruptor of telomeric silencing-1), the histone H3 lysine 79 (H3K79) methyltransferase, is conserved throughout evolution, and its deregulation is found in human leukemias. Here, we provide ...Dot1 (disruptor of telomeric silencing-1), the histone H3 lysine 79 (H3K79) methyltransferase, is conserved throughout evolution, and its deregulation is found in human leukemias. Here, we provide evidence that acetylation of histone H4 allosterically stimulates yeast Dot1 in a manner distinct from but coordinating with histone H2B ubiquitination (H2BUb). We further demonstrate that this stimulatory effect is specific to acetylation of lysine 16 (H4K16ac), a modification central to chromatin structure. We provide a mechanism of this histone cross-talk and show that H4K16ac and H2BUb play crucial roles in H3K79 di- and trimethylation in vitro and in vivo. These data reveal mechanisms that control H3K79 methylation and demonstrate how H4K16ac, H3K79me, and H2BUb function together to regulate gene transcription and gene silencing to ensure optimal maintenance and propagation of an epigenetic state.
リンクScience / PubMed:33479126 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.2 Å
構造データ

22691

7k6p

EMDB-22691, PDB-7k6p:
Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

22692

7k6q

EMDB-22692, PDB-7k6q:
Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-22693:
Noncatalytic conformation Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-22694:
Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome, Ubiquitin focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22695:
Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome, Ubiquitin focused map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Synthetic construct (人工物)
  • Homo sap (パン酵母)
  • Synthetic (人工物)
  • Xenopus lenduensis (カエル)
キーワードStructural Protein/DNA/Transferase / TRANSFERASE / Structural Protein-DNA-Transferase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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