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タイトルPotent neutralizing antibodies from COVID-19 patients define multiple targets of vulnerability.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6504, Page 643-650, Year 2020
掲載日2020年8月7日
著者Philip J M Brouwer / Tom G Caniels / Karlijn van der Straten / Jonne L Snitselaar / Yoann Aldon / Sandhya Bangaru / Jonathan L Torres / Nisreen M A Okba / Mathieu Claireaux / Gius Kerster / Arthur E H Bentlage / Marlies M van Haaren / Denise Guerra / Judith A Burger / Edith E Schermer / Kirsten D Verheul / Niels van der Velde / Alex van der Kooi / Jelle van Schooten / Mariëlle J van Breemen / Tom P L Bijl / Kwinten Sliepen / Aafke Aartse / Ronald Derking / Ilja Bontjer / Neeltje A Kootstra / W Joost Wiersinga / Gestur Vidarsson / Bart L Haagmans / Andrew B Ward / Godelieve J de Bree / Rogier W Sanders / Marit J van Gils /
PubMed 要旨The rapid spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has had a large impact on global health, travel, and economy. Therefore, preventative and therapeutic measures are ...The rapid spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has had a large impact on global health, travel, and economy. Therefore, preventative and therapeutic measures are urgently needed. Here, we isolated monoclonal antibodies from three convalescent coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients using a SARS-CoV-2 stabilized prefusion spike protein. These antibodies had low levels of somatic hypermutation and showed a strong enrichment in VH1-69, VH3-30-3, and VH1-24 gene usage. A subset of the antibodies was able to potently inhibit authentic SARS-CoV-2 infection at a concentration as low as 0.007 micrograms per milliliter. Competition and electron microscopy studies illustrate that the SARS-CoV-2 spike protein contains multiple distinct antigenic sites, including several receptor-binding domain (RBD) epitopes as well as non-RBD epitopes. In addition to providing guidance for vaccine design, the antibodies described here are promising candidates for COVID-19 treatment and prevention.
リンクScience / PubMed:32540902 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度18.0 - 32.0 Å
構造データ

EMDB-22061:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA2-15 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.7 Å

EMDB-22062:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA1-22
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-22063:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA2-07
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-22064:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA2-39 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22065:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA2-04 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-22066:
negative stain EM map of SARS-CoV-2 spike in complex with COVA1-12 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 32.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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