[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structures provide insight into how E. coli FF ATP synthase accommodates symmetry mismatch.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 2615, Year 2020
掲載日2020年5月26日
著者Meghna Sobti / James L Walshe / Di Wu / Robert Ishmukhametov / Yi C Zeng / Carol V Robinson / Richard M Berry / Alastair G Stewart /
PubMed 要旨FF ATP synthase functions as a biological rotary generator that makes a major contribution to cellular energy production. It comprises two molecular motors coupled together by a central and a ...FF ATP synthase functions as a biological rotary generator that makes a major contribution to cellular energy production. It comprises two molecular motors coupled together by a central and a peripheral stalk. Proton flow through the F motor generates rotation of the central stalk, inducing conformational changes in the F motor that catalyzes ATP production. Here we present nine cryo-EM structures of E. coli ATP synthase to 3.1-3.4 Å resolution, in four discrete rotational sub-states, which provide a comprehensive structural model for this widely studied bacterial molecular machine. We observe torsional flexing of the entire complex and a rotational sub-step of F associated with long-range conformational changes that indicates how this flexibility accommodates the mismatch between the 3- and 10-fold symmetries of the F and F motors. We also identify density likely corresponding to lipid molecules that may contribute to the rotor/stator interaction within the F motor.
リンクNat Commun / PubMed:32457314 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-20167, PDB-6oqr:
E. coli ATP Synthase ADP State 1a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-20168, PDB-6oqs:
E. coli ATP synthase State 1b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-20169, PDB-6oqt:
E. coli ATP synthase State 1c
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-20170, PDB-6oqu:
E. coli ATP synthase State 1d
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-20171, PDB-6oqv:
E. coli ATP Synthase State 2b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-20172, PDB-6oqw:
E. coli ATP synthase State 3a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-20454, PDB-6pqv:
E. coli ATP Synthase State 1e
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-21419, PDB-6vwk:
E. coli ATP Synthase ADP Sub-state 3a Fo Focussed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-21854, PDB-6wnq:
E. coli ATP Synthase State 2a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-21855, PDB-6wnr:
E. coli ATP synthase State 3b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • Escherichia coli
  • escherichia coli 2-427-07_s4_c3 (大腸菌)
  • escherichia coli o145:nm (大腸菌)
  • escherichia coli chi7122 (大腸菌)
  • escherichia coli xuzhou21 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / E coli ATP Synthase / ion channel / ATPase / F1Fo ATP synthase

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る