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タイトルThe structures of natively assembled clathrin-coated vesicles.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 30, Page eaba8397, Year 2020
掲載日2020年7月22日
著者Mohammadreza Paraan / Joshua Mendez / Savanna Sharum / Danielle Kurtin / Huan He / Scott M Stagg /
PubMed 要旨Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy ...Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy chain (CHC), clathrin light chain (CLC), and a variety of adaptor protein complexes. Much is known about the structures of the individual CCV components, but data are lacking about the structures of the fully assembled complexes together with membrane and in complex with cargo. Here, we determined the structures of natively assembled CCVs in a variety of geometries. We show that the adaptor β2 appendages crosslink adjacent CHC β-propellers and that the appendage densities are enriched in CCV hexagonal faces. We resolve how adaptor protein 2 and other associated factors in hexagonal faces form an assembly hub with an extensive web of interactions between neighboring β-propellers and propose a structural model that explains how adaptor binding can direct the formation of pentagonal and hexagonal faces.
リンクSci Adv / PubMed:32743076 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.3 - 17.9 Å
構造データ

EMDB-21608:
Mini-coat geometry for a clathrin coated vesicle: clathrin-focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-21609:
Mini-coat geometry for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-21610:
Basket geometry for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

21611

6wcj

EMDB-21611: Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage, subparticle refinement of the clathrin layer
PDB-6wcj: Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-21612:
Football geometry for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.1 Å

EMDB-21613:
Tennis geometry for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.2 Å

EMDB-21614:
Barrel geometry for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.9 Å

EMDB-21615:
Pentagonal face of the mini-coat cage for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-21616:
Hexagonal face of the mini-coat cage for a clathrin coated vesicle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • bovine (ウシ)
キーワードENDOCYTOSIS / Clathrin coated vesicle / clathrin heavy chain / clathrin light chain / clathrin cage

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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