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タイトルStructural basis of redox modulation on chloroplast ATP synthase.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 3, Issue 1, Page 482, Year 2020
掲載日2020年9月2日
著者Jay-How Yang / Dewight Williams / Eaazhisai Kandiah / Petra Fromme / Po-Lin Chiu /
PubMed 要旨In higher plants, chloroplast ATP synthase has a unique redox switch on its γ subunit that modulates enzyme activity to limit ATP hydrolysis at night. To understand the molecular details of the ...In higher plants, chloroplast ATP synthase has a unique redox switch on its γ subunit that modulates enzyme activity to limit ATP hydrolysis at night. To understand the molecular details of the redox modulation, we used single-particle cryo-EM to determine the structures of spinach chloroplast ATP synthase in both reduced and oxidized states. The disulfide linkage of the oxidized γ subunit introduces a torsional constraint to stabilize the two β hairpin structures. Once reduced, free cysteines alleviate this constraint, resulting in a concerted motion of the enzyme complex and a smooth transition between rotary states to facilitate the ATP synthesis. We added an uncompetitive inhibitor, tentoxin, in the reduced sample to limit the flexibility of the enzyme and obtained high-resolution details. Our cryo-EM structures provide mechanistic insight into the redox modulation of the energy regulation activity of chloroplast ATP synthase.
リンクCommun Biol / PubMed:32879423 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 - 7.9 Å
構造データ

EMDB-21235, PDB-6vm1:
Chloroplast ATP synthase (C3, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-21238, PDB-6vm4:
Chloroplast ATP synthase (C2, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.08 Å

EMDB-21239, PDB-6vmb:
Chloroplast ATP synthase (C1, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.23 Å

EMDB-21240, PDB-6vmd:
Chloroplast ATP synthase (C1, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.53 Å

EMDB-21241, PDB-6vmg:
Chloroplast ATP synthase (O3, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.46 Å

EMDB-21262, PDB-6vof:
Chloroplast ATP synthase (O2, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.51 Å

EMDB-21263, PDB-6vog:
Chloroplast ATP synthase (O2, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

EMDB-21264, PDB-6voh:
Chloroplast ATP synthase (O1, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.16 Å

EMDB-21265, PDB-6voi:
Chloroplast ATP synthase (O1, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.03 Å

EMDB-21266, PDB-6voj:
Chloroplast ATP synthase (R3, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.34 Å

EMDB-21267, PDB-6vok:
Chloroplast ATP synthase (R3, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-21268, PDB-6vol:
Chloroplast ATP synthase (R2, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.06 Å

EMDB-21269, PDB-6vom:
Chloroplast ATP synthase (R2, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-21270, PDB-6von:
Chloroplast ATP synthase (R1, CF1FO)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

EMDB-21271, PDB-6voo:
Chloroplast ATP synthase (R1, CF1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-TTX:
TENTOXIN / toxin*YM / テントキシン

由来
  • spinacia oleracea (ホウレンソウ)
  • Spinach (ホウレンソウ)
キーワードPHOTOSYNTHESIS/TRANSLOCASE / CF1FO / ATP synthase (ATP合成酵素) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PHOTOSYNTHESIS-TRANSLOCASE complex / TRANSLOCASE (輸送酵素)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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