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Structure paper

タイトルStructure of a D2 dopamine receptor-G-protein complex in a lipid membrane.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 584, Issue 7819, Page 125-129, Year 2020
掲載日2020年6月11日
著者Jie Yin / Kuang-Yui M Chen / Mary J Clark / Mahdi Hijazi / Punita Kumari / Xiao-Chen Bai / Roger K Sunahara / Patrick Barth / Daniel M Rosenbaum /
PubMed 要旨The D2 dopamine receptor (DRD2) is a therapeutic target for Parkinson's disease and antipsychotic drugs. DRD2 is activated by the endogenous neurotransmitter dopamine and synthetic agonist drugs such ...The D2 dopamine receptor (DRD2) is a therapeutic target for Parkinson's disease and antipsychotic drugs. DRD2 is activated by the endogenous neurotransmitter dopamine and synthetic agonist drugs such as bromocriptine, leading to stimulation of G and inhibition of adenylyl cyclase. Here we used cryo-electron microscopy to elucidate the structure of an agonist-bound activated DRD2-G complex reconstituted into a phospholipid membrane. The extracellular ligand-binding site of DRD2 is remodelled in response to agonist binding, with conformational changes in extracellular loop 2, transmembrane domain 5 (TM5), TM6 and TM7, propagating to opening of the intracellular G-binding site. The DRD2-G structure represents, to our knowledge, the first experimental model of a G-protein-coupled receptor-G-protein complex embedded in a phospholipid bilayer, which serves as a benchmark to validate the interactions seen in previous detergent-bound structures. The structure also reveals interactions that are unique to the membrane-embedded complex, including helix 8 burial in the inner leaflet, ordered lysine and arginine side chains in the membrane interfacial regions, and lipid anchoring of the G protein in the membrane. Our model of the activated DRD2 will help to inform the design of subtype-selective DRD2 ligands for multiple human central nervous system disorders.
リンクNature / PubMed:32528175 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 3.8 Å
構造データ

21243

6vms

EMDB-21243, PDB-6vms:
Structure of a D2 dopamine receptor-G-protein complex in a lipid membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-21244:
Structure of a D2 dopamine receptor-G-protein complex in a lipid membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-21245:
Structure of a D2 dopamine receptor-G-protein complex in a lipid membrane
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-08Y:
bromoergocryptine / ブロモクリプチン / アゴニスト*YM / ブロモクリプチン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dopamine (ドーパミン) / Dopamine receptor (ドーパミン受容体) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / G protein (Gタンパク質) / Parkinson's disease (パーキンソン病)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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