[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルVaccination with Glycan-Modified HIV NFL Envelope Trimer-Liposomes Elicits Broadly Neutralizing Antibodies to Multiple Sites of Vulnerability.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 51, Issue 5, Page 915-929.e7, Year 2019
掲載日2019年11月19日
著者Viktoriya Dubrovskaya / Karen Tran / Gabriel Ozorowski / Javier Guenaga / Richard Wilson / Shridhar Bale / Christopher A Cottrell / Hannah L Turner / Gemma Seabright / Sijy O'Dell / Jonathan L Torres / Lifei Yang / Yu Feng / Daniel P Leaman / Néstor Vázquez Bernat / Tyler Liban / Mark Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Arlette Movsesyan / Nicole A Doria-Rose / Marie Pancera / Gunilla B Karlsson Hedestam / Michael B Zwick / Max Crispin / John R Mascola / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
PubMed 要旨The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are ...The elicitation of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer remains a major vaccine challenge. Most cross-conserved protein determinants are occluded by self-N-glycan shielding, limiting B cell recognition of the underlying polypeptide surface. The exceptions to the contiguous glycan shield include the conserved receptor CD4 binding site (CD4bs) and glycoprotein (gp)41 elements proximal to the furin cleavage site. Accordingly, we performed heterologous trimer-liposome prime:boosting in rabbits to drive B cells specific for cross-conserved sites. To preferentially expose the CD4bs to B cells, we eliminated proximal N-glycans while maintaining the native-like state of the cleavage-independent NFL trimers, followed by gradual N-glycan restoration coupled with heterologous boosting. This approach successfully elicited CD4bs-directed, cross-neutralizing Abs, including one targeting a unique glycan-protein epitope and a bNAb (87% breadth) directed to the gp120:gp41 interface, both resolved by high-resolution cryoelectron microscopy. This study provides proof-of-principle immunogenicity toward eliciting bNAbs by vaccination.
リンクImmunity / PubMed:31732167 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.296 - 30.0 Å
構造データ

20259

6p62

EMDB-20259, PDB-6p62:
HIV Env BG505 NFL TD+ in complex with antibody E70 fragment antigen binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

20260

6p65

EMDB-20260, PDB-6p65:
HIV Env 16055 NFL TD 2CC+ in complex with antibody 1C2 fragment antigen binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.94 Å

EMDB-20273:
Negative-stain reconstruction of HIV-1 Env BG505 NFL CC+ trimer in complex with rabbit antibody E70 fragment antigen binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-20274:
Negative stain reconstruction of HIV-1 Env 16055 NFL TD 2CC+ trimer in complex with rabbit antibody 1C2 fragment antigen binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-20279:
Polyclonal Fabs from rabbit C3 post 5th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dH5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-20280:
Polyclonal Fabs from rabbit C3 post 5th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dH5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-20342:
Polyclonal serum of rabbit C3 boost 5 in complex with heterologous Env trimer SC422 NFL TD CC+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-20343:
Polyclonal serum from rabbit C3 post 4th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dG5 NFL TD 2CC+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-20344:
Polyclonal serum of rabbit C3 post 5th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dG5 NFL TD 2CC+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-20345:
Polyclonal serum of rabbit A1 post 6th immunization in complex with homologous Env trimer 16055 NFL TD CC+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-20346:
Polyclonal serum of rabbit A1 post 6th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dG5 NFL TD 2CC+, class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-20347:
Polyclonal serum of rabbit A1 post 6th immunization in complex with heterologous Env trimer 45_01dG5 NFL TD 2CC+, class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

PDB-6peh:
Crystal structure of rabbit monoclonal anti-HIV antibody 1C2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.296 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/immune system / HIV-1 / CD4 binding site / neutralizing antibody / rabbit antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-immune system complex / IMMUNE SYSTEM / Antibody / bnAb / HIV

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る