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タイトルThe Israeli acute paralysis virus IRES captures host ribosomes by mimicking a ribosomal state with hybrid tRNAs.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 38, Issue 21, Page e102226, Year 2019
掲載日2019年10月4日
著者Francisco Acosta-Reyes / Ritam Neupane / Joachim Frank / Israel S Fernández /
PubMed 要旨Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a ...Colony collapse disorder (CCD) is a multi-faceted syndrome decimating bee populations worldwide, and a group of viruses of the widely distributed Dicistroviridae family have been identified as a causing agent of CCD. This family of viruses employs non-coding RNA sequences, called internal ribosomal entry sites (IRESs), to precisely exploit the host machinery for viral protein production. Using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have characterized how the IRES of Israeli acute paralysis virus (IAPV) intergenic region captures and redirects translating ribosomes toward viral RNA messages. We reconstituted two in vitro reactions targeting a pre-translocation and a post-translocation state of the IAPV-IRES in the ribosome, allowing us to identify six structures using image processing classification methods. From these, we reconstructed the trajectory of IAPV-IRES from the early small subunit recruitment to the final post-translocated state in the ribosome. An early commitment of IRES/ribosome complexes for global pre-translocation mimicry explains the high efficiency observed for this IRES. Efforts directed toward fighting CCD by targeting the IAPV-IRES using RNA-interference technology are underway, and the structural framework presented here may assist in further refining these approaches.
リンクEMBO J / PubMed:31609474 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.2 Å
構造データ

20248

6p4g

EMDB-20248, PDB-6p4g:
Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

20249

6p4h

EMDB-20249, PDB-6p4h:
Structure of a mammalian small ribosomal subunit in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

20255

6p5i

EMDB-20255, PDB-6p5i:
Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

20256

6p5j

EMDB-20256, PDB-6p5j:
Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

20257

6p5k

EMDB-20257, PDB-6p5k:
Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

20258

6p5n

EMDB-20258, PDB-6p5n:
Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with a single translocated Israeli Acute Paralysis Virus IRES and eRF1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • israeli acute paralysis virus (ウイルス)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Rabbit (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / Israeli Acute Paralysis Virus IRES / IAPV / 40S / small ribosomal subunit / Israeli Acute Paralysis Virus / Internal Ribosome Entry Site / IRES / Large Ribosomal Subunit / 60S / 80S / ribosomes / eukaryotic release factor 1 / eRF1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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