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タイトルSymmetry-free cryo-EM structures of the chaperonin TRiC along its ATPase-driven conformational cycle.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 31, Issue 3, Page 720-730, Year 2012
掲載日2012年2月1日
著者Yao Cong / Gunnar F Schröder / Anne S Meyer / Joanita Jakana / Boxue Ma / Matthew T Dougherty / Michael F Schmid / Stefanie Reissmann / Michael Levitt / Steven L Ludtke / Judith Frydman / Wah Chiu /
PubMed 要旨The eukaryotic group II chaperonin TRiC/CCT is a 16-subunit complex with eight distinct but similar subunits arranged in two stacked rings. Substrate folding inside the central chamber is triggered ...The eukaryotic group II chaperonin TRiC/CCT is a 16-subunit complex with eight distinct but similar subunits arranged in two stacked rings. Substrate folding inside the central chamber is triggered by ATP hydrolysis. We present five cryo-EM structures of TRiC in apo and nucleotide-induced states without imposing symmetry during the 3D reconstruction. These structures reveal the intra- and inter-ring subunit interaction pattern changes during the ATPase cycle. In the apo state, the subunit arrangement in each ring is highly asymmetric, whereas all nucleotide-containing states tend to be more symmetrical. We identify and structurally characterize an one-ring closed intermediate induced by ATP hydrolysis wherein the closed TRiC ring exhibits an observable chamber expansion. This likely represents the physiological substrate folding state. Our structural results suggest mechanisms for inter-ring-negative cooperativity, intra-ring-positive cooperativity, and protein-folding chamber closure of TRiC. Intriguingly, these mechanisms are different from other group I and II chaperonins despite their similar architecture.
リンクEMBO J / PubMed:22045336 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.5 - 13.9 Å
構造データ

1960

4a0o

EMDB-1960, PDB-4a0o:
Symmetry-free cryo-EM map of TRiC in the nucleotide-free (apo) state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.5 Å

1961

4a0v

EMDB-1961: Symmetry-free cryo-EM map of TRiC-AMP-PNP
PDB-4a0v: model refined against the Symmetry-free cryo-EM map of TRiC-AMP-PNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

1962

4a0w

EMDB-1962: Symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP-AlFx
PDB-4a0w: model built against symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP-AlFx
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.9 Å

1963

4a13

EMDB-1963: Symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP
PDB-4a13: model refined against symmetry-free cryo-EM map of TRiC-ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.3 Å

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードCHAPERONE / CHAPERONIN / PROTEIN FOLDING

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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