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Structure paper

タイトルFilamentID reveals the composition and function of metabolic enzyme polymers during gametogenesis.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 13, Page 3303-3318.e18, Year 2024
掲載日2024年6月20日
著者Jannik Hugener / Jingwei Xu / Rahel Wettstein / Lydia Ioannidi / Daniel Velikov / Florian Wollweber / Adrian Henggeler / Joao Matos / Martin Pilhofer /
PubMed 要旨Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly ...Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly understood. Here, we visualized budding yeast cells undergoing meiosis by cryo-electron tomography (cryoET) and discovered elaborate filamentous assemblies decorating the nucleus, cytoplasm, and mitochondria. To determine filament composition, we developed a "filament identification" (FilamentID) workflow that combines multiscale cryoET/cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses of partially lysed cells or organelles. FilamentID identified the mitochondrial filaments as being composed of the conserved aldehyde dehydrogenase Ald4 and the nucleoplasmic/cytoplasmic filaments as consisting of acetyl-coenzyme A (CoA) synthetase Acs1. Structural characterization further revealed the mechanism underlying polymerization and enabled us to genetically perturb filament formation. Acs1 polymerization facilitates the recovery of chronologically aged spores and, more generally, the cell cycle re-entry of starved cells. FilamentID is broadly applicable to characterize filaments of unknown identity in diverse cellular contexts.
リンクCell / PubMed:38906101
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度3.5 - 44.0 Å
構造データ

19548

8rwj

EMDB-19548, PDB-8rwj:
cryoEM structure of Acs1 filament determined by FilamentID
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

19549

8rwk

EMDB-19549, PDB-8rwk:
cryoEM structure of the central Ald4 filament determined by FilamentID
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-19550: cryoEM structure of purified Acs1 filament from meiotic yeast cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-19551: cryo sub-tomogram average of Acs1 filament from spread meiotic yeast spheroplasts
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.3 Å

EMDB-19552: cryo sub-tomogram average of Ald4 filaments from purified meiotic yeast mitochondria
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 44.0 Å

EMDB-19553: cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing filaments in mitochondria
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19554: cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing filaments in the nucleus
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19555: cryo-tomogram of FIB-milled meiotic yeast cell containing filaments in the cytoplasm
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19556: cryo-tomogram of purified meiotic yeast mitochondrion containing Ald4 filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19557: cryo-tomogram of spread meiotic yeast spheroplast containing Acs1 filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19558: cryo-tomogram of spread starved yeast spheroplast containing filaments
手法: EM (トモグラフィー)

化合物

ChemComp-6R9:
[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate / アデニル酸アセチル

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae sk1 (パン酵母)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / metabolic enzyme / filament / cryoEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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