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タイトルStructure of the endosomal CORVET tethering complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 5227, Year 2024
掲載日2024年6月19日
著者Dmitry Shvarev / Caroline König / Nicole Susan / Lars Langemeyer / Stefan Walter / Angela Perz / Florian Fröhlich / Christian Ungermann / Arne Moeller /
PubMed 要旨Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion ...Cells depend on their endolysosomal system for nutrient uptake and downregulation of plasma membrane proteins. These processes rely on endosomal maturation, which requires multiple membrane fusion steps. Early endosome fusion is promoted by the Rab5 GTPase and its effector, the hexameric CORVET tethering complex, which is homologous to the lysosomal HOPS. How these related complexes recognize their specific target membranes remains entirely elusive. Here, we solve the structure of CORVET by cryo-electron microscopy and revealed its minimal requirements for membrane tethering. As expected, the core of CORVET and HOPS resembles each other. However, the function-defining subunits show marked structural differences. Notably, we discover that unlike HOPS, CORVET depends not only on Rab5 but also on phosphatidylinositol-3-phosphate (PI3P) and membrane lipid packing defects for tethering, implying that an organelle-specific membrane code enables fusion. Our data suggest that both shape and membrane interactions of CORVET and HOPS are conserved in metazoans, thus providing a paradigm how tethering complexes function.
リンクNat Commun / PubMed:38898033 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 8.5 Å
構造データ

14964

7zu0

EMDB-14964: HOPS tethering complex from yeast, composite map
PDB-7zu0: HOPS tethering complex from yeast
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

18701

8qx8

EMDB-18701, PDB-8qx8:
Endosomal membrane tethering complex CORVET
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-18702: Endosomal membrane tethering complex CORVET, Vps8-Vps11 local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-18703: Endosomal membrane tethering complex CORVET, Vps8 beta propeller local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-18704: Endosomal membrane tethering complex CORVET, SNARE binding module local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-18705: Endosomal membrane tethering complex CORVET, core local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-18706: Endosomal membrane tethering complex CORVET, Vps18 beta propeller local refinement map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-18707: Endosomal membrane tethering complex CORVET, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-18708: Endosomal membrane tethering complex CORVET, Vps11deltaN mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / HOPS / tethering complex / lysosome / membrane fusion / Rab GTPase / cryo-EM / ENDOCYTOSIS / CORVET / endosome / tethering

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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