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タイトルCryoEM insights into RNA primer synthesis by the human primosome.
ジャーナル・号・ページFEBS J, Vol. 291, Issue 8, Page 1813-1829, Year 2024
掲載日2024年2月9日
著者Zhan Yin / Mairi L Kilkenny / De-Sheng Ker / Luca Pellegrini /
PubMed 要旨Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis ...Eukaryotic DNA replication depends on the primosome - a complex of DNA polymerase alpha (Pol α) and primase - to initiate DNA synthesis by polymerisation of an RNA-DNA primer. Primer synthesis requires the tight coordination of primase and polymerase activities. Recent cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses have elucidated the extensive conformational transitions required for RNA primer handover between primase and Pol α and primer elongation by Pol α. Because of the intrinsic flexibility of the primosome, however, structural information about the initiation of RNA primer synthesis is still lacking. Here, we capture cryoEM snapshots of the priming reaction to reveal the conformational trajectory of the human primosome that brings DNA primase subunits 1 and 2 (PRIM1 and PRIM2, respectively) together, poised for RNA synthesis. Furthermore, we provide experimental evidence for the continuous association of primase subunit PRIM2 with the RNA primer during primer synthesis, and for how both initiation and termination of RNA primer polymerisation are licenced by specific rearrangements of DNA polymerase alpha catalytic subunit (POLA1), the polymerase subunit of Pol α. Our findings fill a critical gap in our understanding of the conformational changes that underpin the synthesis of the RNA primer by the primosome. Together with existing evidence, they provide a complete description of the structural dynamics of the human primosome during DNA replication initiation.
リンクFEBS J / PubMed:38335062
手法EM (単粒子)
解像度3.07 - 6.15 Å
構造データ

EMDB-17795, PDB-8qj7:
Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-17807: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

EMDB-17810: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

EMDB-17811: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in pre-initiation stage 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.21 Å

EMDB-17812: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase at initiation I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-17813: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase at initiation II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.03 Å

EMDB-17824: Cryo-EM structure of human DNA polymerase alpha-primase in primer handover
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.15 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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