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Structure paper

タイトルMolecular model of a bacterial flagellar motor reveals a "parts-list" of protein adaptations to increase torque.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年10月9日
著者Tina Drobnič / Eli J Cohen / Tom Calcraft / Mona Alzheimer / Kathrin Froschauer / Sarah Svensson / William H Hoffmann / Nanki Singh / Sriram G Garg / Louie Henderson / Trishant R Umrekar / Andrea Nans / Deborah Ribardo / Francesco Pedaci / Ashley L Nord / Georg K A Hochberg / David R Hendrixson / Cynthia M Sharma / Peter B Rosenthal / Morgan Beeby /
PubMed 要旨One hurdle to understanding how molecular machines work, and how they evolve, is our inability to see their structures . Here we describe a minicell system that enables cryogenic electron microscopy ...One hurdle to understanding how molecular machines work, and how they evolve, is our inability to see their structures . Here we describe a minicell system that enables cryogenic electron microscopy imaging and single particle analysis to investigate the structure of an iconic molecular machine, the bacterial flagellar motor, which spins a helical propeller for propulsion. We determine the structure of the high-torque motor including the subnanometre-resolution structure of the periplasmic scaffold, an adaptation essential to high torque. Our structure enables identification of new proteins, and interpretation with molecular models highlights origins of new components, reveals modifications of the conserved motor core, and explain how these structures both template a wider ring of motor proteins, and buttress the motor during swimming reversals. We also acquire insights into universal principles of flagellar torque generation. This approach is broadly applicable to other membrane-residing bacterial molecular machines complexes.
リンクbioRxiv / PubMed:39416179 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度7.9 - 81.0 Å
構造データ

EMDB-16723: Wild-type Campylobacter jejuni flagellar motor, in situ
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.36 Å

EMDB-16724: Periplasmic scaffold of the Campylobacter jejuni flagellar motor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-17415: Campylobacter jejuni flagellar motor, pflC deletion
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-17416: Campylobacter jejuni flagellar motor, pflD deletion
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 58.0 Å

EMDB-17417: Campylobacter jejuni flagellar motor, truncated PflA (d16-168)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 57.5 Å

EMDB-17419: Campylobacter jejuni flagellar motor, FlgQ-mCherry fusion
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 81.0 Å

EMDB-19642: Campylobacter jejuni bacterial flagellar C-ring
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

由来
  • Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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