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タイトルStructural landscape of the respiratory syncytial virus nucleocapsids.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 5732, Year 2023
掲載日2023年9月15日
著者Lorène Gonnin / Ambroise Desfosses / Maria Bacia-Verloop / Didier Chevret / Marie Galloux / Jean-François Éléouët / Irina Gutsche /
PubMed 要旨Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and ...Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and a scaffold for the virion assembly. This cryo-electron microscopy analysis reveals the non-canonical arrangement of the HRSV nucleocapsid helix, composed of 16 nucleoproteins per asymmetric unit, and the resulting systematic variations in the RNA accessibility. We demonstrate that this unique helical symmetry originates from longitudinal interactions by the C-terminal arm of the HRSV nucleoprotein. We explore the polymorphism of the nucleocapsid-like assemblies, report five structures of the full-length particles and two alternative arrangements formed by a C-terminally truncated nucleoprotein mutant, and demonstrate the functional importance of the identified longitudinal interfaces. We put all these findings in the context of the HRSV RNA synthesis machinery and delineate the structural basis for its further investigation.
リンクNat Commun / PubMed:37714861 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.8 - 6.2 Å
構造データ

EMDB-17030: Helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.2 Å

17031

8oou

EMDB-17031, PDB-8oou:
Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-17034: Helical nucleocapsid of the N1-370 mutant of the human Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

17035

8op1

EMDB-17035, PDB-8op1:
Subsection of a helical nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-17036: Double-headed nucleocapsid of the human Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-17037: Ring-capped nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

17038

8op2

EMDB-17038, PDB-8op2:
Stacks of nucleocapsid rings of the N1-370 mutant of the human Respiratory Syncytial Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • human respiratory syncytial virus a strain long (ウイルス)
  • respiratory syncytial virus (ウイルス)
  • trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
キーワードVIRAL PROTEIN / D10-symmetry / N-RNA / nucleoprotein / RSV / nucleocapsid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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