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タイトルExploiting cryo-EM structures of actomyosin-5a to reveal the physical properties of its lever.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 32, Issue 12, Page 2316-22324.e6, Year 2024
掲載日2024年12月5日
著者Molly S C Gravett / David P Klebl / Oliver G Harlen / Daniel J Read / Stephen P Muench / Sarah A Harris / Michelle Peckham /
PubMed 要旨Myosin 5a (Myo5a) is a dimeric processive motor protein that transports cellular cargos along filamentous actin (F-actin). Its long lever is responsible for its large power-stroke, step size, and ...Myosin 5a (Myo5a) is a dimeric processive motor protein that transports cellular cargos along filamentous actin (F-actin). Its long lever is responsible for its large power-stroke, step size, and load-bearing ability. Little is known about the levers' structure and physical properties, and how they contribute to walking mechanics. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics (MD) simulations, we resolved the structure of monomeric Myo5a, comprising the motor domain and full-length lever, bound to F-actin. The range of its lever conformations revealed its physical properties, how stiffness varies along its length and predicts a large, 35 nm, working stroke. Thus, the newly released trail head in a dimeric Myo5a would only need to perform a small diffusive search for its new binding site on F-actin, and stress would only be generated across the dimer once phosphate is released from the lead head, revealing new insight into the walking behavior of Myo5a.
リンクStructure / PubMed:39454567
手法EM (単粒子)
解像度4.2 - 10.7 Å
構造データ

EMDB-16846: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-16848: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-16849: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class C)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

16850

8of8

EMDB-16850: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class D)
PDB-8of8: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-16851: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class E)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-16852: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class G)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

EMDB-16853: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class F)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-16854: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class H)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-16855: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1 with the full-length lever (nucleotide free, class I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-16856: Cryo-EM structure of actomyosin-5a-S1(nucleotide free, motor + 2IQ)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMOTOR PROTEIN / myosin / cytoskeletal motor / myosin-va / myo5a / myosin-5a / S1 / rigor / nucleotide free / apo / lever / 6IQ / actomyosin / actomyosin-5a / actin / actomyosin-va / actin bound

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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