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タイトルStructure of the ceramide-bound SPOTS complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 6196, Year 2023
掲載日2023年10月4日
著者Jan-Hannes Schäfer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Sergej Limar / Kristian Parey / Stefan Walter / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
PubMed 要旨Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. ...Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. Its activity is tightly regulated through multiple binding partners, including Tsc3, Orm proteins, ceramides, and the phosphatidylinositol-4-phosphate (PI4P) phosphatase Sac1. The structural organization and regulatory mechanisms of this complex are not yet understood. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of the yeast SPT in complex with Tsc3 and Orm1 (SPOT) as dimers and monomers and a monomeric complex further carrying Sac1 (SPOTS). In all complexes, the tight interaction of the downstream metabolite ceramide and Orm1 reveals the ceramide-dependent inhibition. Additionally, observation of ceramide and ergosterol binding suggests a co-regulation of sphingolipid biogenesis and sterol metabolism within the SPOTS complex.
リンクNat Commun / PubMed:37794019 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.4 Å
構造データ

16467

8c80

EMDB-16467, PDB-8c80:
Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Monomer complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

16468

8c81

EMDB-16468, PDB-8c81:
Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

16469

8c82

EMDB-16469, PDB-8c82:
Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-16485: Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex, local refinement of a monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル

ChemComp-Z8A:
N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide / N-ヘキサコサノイルフィトスフィンゴシン

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSFERASE / Serine-Palmitoyl-Transferase / SPT / Orm-Protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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