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タイトルStructural basis of LRPPRC-SLIRP-dependent translation by the mitoribosome.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 12, Page 1838-1847, Year 2024
掲載日2024年8月12日
著者Vivek Singh / J Conor Moran / Yuzuru Itoh / Iliana C Soto / Flavia Fontanesi / Mary Couvillion / Martijn A Huynen / L Stirling Churchman / Antoni Barrientos / Alexey Amunts /
PubMed 要旨In mammalian mitochondria, mRNAs are cotranscriptionally stabilized by the protein factor LRPPRC (leucine-rich pentatricopeptide repeat-containing protein). Here, we characterize LRPPRC as an mRNA ...In mammalian mitochondria, mRNAs are cotranscriptionally stabilized by the protein factor LRPPRC (leucine-rich pentatricopeptide repeat-containing protein). Here, we characterize LRPPRC as an mRNA delivery factor and report its cryo-electron microscopy structure in complex with SLIRP (SRA stem-loop-interacting RNA-binding protein), mRNA and the mitoribosome. The structure shows that LRPPRC associates with the mitoribosomal proteins mS39 and the N terminus of mS31 through recognition of the LRPPRC helical repeats. Together, the proteins form a corridor for handoff of the mRNA. The mRNA is directly bound to SLIRP, which also has a stabilizing function for LRPPRC. To delineate the effect of LRPPRC on individual mitochondrial transcripts, we used RNA sequencing, metabolic labeling and mitoribosome profiling, which showed a transcript-specific influence on mRNA translation efficiency, with cytochrome c oxidase subunit 1 and 2 translation being the most affected. Our data suggest that LRPPRC-SLIRP acts in recruitment of mitochondrial mRNAs to modulate their translation. Collectively, the data define LRPPRC-SLIRP as a regulator of the mitochondrial gene expression system.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39134711 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.69 - 3.38 Å
構造データ

15544

8any

EMDB-15544, PDB-8any:
Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC, SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-16407: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on SSU head)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

EMDB-16408: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on SSU body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-16409: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (masked refined on SSU tail)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-16410: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on LSU body)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

EMDB-16411: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on L10/L12 stalk)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-16412: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on mS39-LRPPRC-SLIRP)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-16413: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (focussed on central protuberance)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-16414: Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC-SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

化合物

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-VAL:
VALINE / バリン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / mitochondrial translation / mRNA delivery

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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