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タイトルCrystal structure of a nucleocapsid-like nucleoprotein-RNA complex of respiratory syncytial virus.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 326, Issue 5957, Page 1279-1283, Year 2009
掲載日2009年11月27日
著者Rajiv G Tawar / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Paloma F Varela / Laurence Damier-Piolle / Nathalie Castagné / Kirsty MacLellan / Hugues Bedouelle / Gérard Bricogne / David Bhella / Jean-François Eléouët / Félix A Rey /
PubMed 要旨The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of ...The respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat infection. To help elucidate the replication mechanism of this RNA virus, we determined the three-dimensional (3D) crystal structure at 3.3 A resolution of a decameric, annular ribonucleoprotein complex of the RSV nucleoprotein (N) bound to RNA. This complex mimics one turn of the viral helical nucleocapsid complex, which serves as template for viral RNA synthesis. The RNA wraps around the protein ring, with seven nucleotides contacting each N subunit, alternating rows of four and three stacked bases that are exposed and buried within a protein groove, respectively. Combined with electron microscopy data, this structure provides a detailed model for the RSV nucleocapsid, in which the bases are accessible for readout by the viral polymerase. Furthermore, the nucleoprotein structure highlights possible key sites for drug targeting.
リンクScience / PubMed:19965480
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度3.29 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-1622:
Helical reconstruction of Respiratory Syncytial Virus N-RNA helices
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 26.0 Å

PDB-2wj8:
Respiratory Syncitial Virus RiboNucleoProtein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-BO4:
BORATE ION

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Respiratory syncytial virus (ウイルス)
  • human respiratory syncytial virus a strain long (ウイルス)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN RNA COMPLEX / NUCLEOCAPSID (N) / RIBONUCLEOPROTEIN / RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (RSV) / VIRAL NUCLEOPROTEIN / TEMPLATE-LIKE ASSEMBLY / RNA / VIRION / COMPLEX / CYTOPLASM / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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