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タイトルStructure of nascent 5S RNPs at the crossroad between ribosome assembly and MDM2-p53 pathways.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 8, Page 1119-1131, Year 2023
掲載日2023年6月8日
著者Nestor Miguel Castillo Duque de Estrada / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Henrik M Hammaren / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Jochen Baßler / Martin Beck / Roland Beckmann / Ed Hurt /
PubMed 要旨The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is ...The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is disturbed, a free 5S RNP can enter the MDM2-p53 pathway to regulate cell cycle and apoptotic signaling. Here we reconstitute and determine the cryo-electron microscopy structure of the conserved hexameric 5S RNP with fungal or human factors. This reveals how the nascent 5S rRNA associates with the initial nuclear import complex Syo1-uL18-uL5 and, upon further recruitment of the nucleolar factors Rpf2 and Rrs1, develops into the 5S RNP precursor that can assemble into the pre-ribosome. In addition, we elucidate the structure of another 5S RNP intermediate, carrying the human ubiquitin ligase Mdm2, which unravels how this enzyme can be sequestered from its target substrate p53. Our data provide molecular insight into how the 5S RNP can mediate between ribosome biogenesis and cell proliferation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37291423 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.1 Å
構造データ

13134

7ozs

EMDB-13134, PDB-7ozs:
Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

16036

8bgu

EMDB-16036, PDB-8bgu:
human MDM2-5S RNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-16037: hexameric ct-sc 5S RNP monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-16038: hexameric ct-sc 5S RNP dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-16040: pre-60S with human 5S RNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • chaetomium thermophilum (strain dsm 1495 / cbs 144.50 / imi 039719) (菌類)
  • thermochaetoides thermophila dsm 1495 (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / 5S RNP / Ribosome biogenesis / Symportin 1 / Rpf2-Rrs1 / Mdm2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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