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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ozs | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the hexameric 5S RNP from C. thermophilum | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / 5S RNP / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / Symportin 1 / Rpf2-Rrs1 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 核小体 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Castillo, N. / Thoms, M. / Flemming, D. / Hammaren, H.M. / Buschauer, R. / Ameismeier, M. / Bassler, J. / Beck, M. / Beckmann, R. / Hurt, E. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of nascent 5S RNPs at the crossroad between ribosome assembly and MDM2-p53 pathways. 著者: Nestor Miguel Castillo Duque de Estrada / Matthias Thoms / Dirk Flemming / Henrik M Hammaren / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Jochen Baßler / Martin Beck / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is ...The 5S ribonucleoprotein (RNP) is assembled from its three components (5S rRNA, Rpl5/uL18 and Rpl11/uL5) before being incorporated into the pre-60S subunit. However, when ribosome synthesis is disturbed, a free 5S RNP can enter the MDM2-p53 pathway to regulate cell cycle and apoptotic signaling. Here we reconstitute and determine the cryo-electron microscopy structure of the conserved hexameric 5S RNP with fungal or human factors. This reveals how the nascent 5S rRNA associates with the initial nuclear import complex Syo1-uL18-uL5 and, upon further recruitment of the nucleolar factors Rpf2 and Rrs1, develops into the 5S RNP precursor that can assemble into the pre-ribosome. In addition, we elucidate the structure of another 5S RNP intermediate, carrying the human ubiquitin ligase Mdm2, which unravels how this enzyme can be sequestered from its target substrate p53. Our data provide molecular insight into how the 5S RNP can mediate between ribosome biogenesis and cell proliferation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ozs.cif.gz | 297.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ozs.ent.gz | 232.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ozs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13134MC 8bguC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 BADCF
#1: タンパク質 | 分子量: 20119.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SHQ2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35034.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SEG2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22817.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SCH6 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39927.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0SF80 |
#7: タンパク質 | 分子量: 74709.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 参照: UniProt: G0S5S6 |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 3E
#5: RNA鎖 | 分子量: 38312.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
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#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hexameric 5S RNP from C. thermophilum / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 43.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126547 / 対称性のタイプ: POINT |