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タイトルStructural evolution of fibril polymorphs during amyloid assembly.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 26, Page 5798-5811.e26, Year 2023
掲載日2023年12月21日
著者Martin Wilkinson / Yong Xu / Dev Thacker / Alexander I P Taylor / Declan G Fisher / Rodrigo U Gallardo / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
PubMed 要旨Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of long assembly processes, and their relationship to fibrils formed early in assembly is unknown. Consequently, whether different fibril architectures, with potentially different pathological properties, form during assembly remains unknown. Here, we used cryo-EM to determine structures of amyloid fibrils at different times during in vitro fibrillation of a disease-related variant of human islet amyloid polypeptide (IAPP-S20G). Strikingly, the fibrils formed in the lag, growth, and plateau phases have different structures, with new forms appearing and others disappearing as fibrillation proceeds. A time course with wild-type hIAPP also shows fibrils changing with time, suggesting that this is a general property of IAPP amyloid assembly. The observation of transiently populated fibril structures has implications for understanding amyloid assembly mechanisms with potential new insights into amyloid progression in disease.
リンクCell / PubMed:38134875
手法EM (らせん対称)
解像度2.2 - 3.4 Å
構造データ

EMDB-15696, PDB-8awt:
IAPP S20G lag-phase fibril polymorph 2PF-P
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-15728, PDB-8az0:
IAPP S20G growth-phase fibril polymorph 2PF-L
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15729, PDB-8az1:
IAPP S20G growth-phase fibril polymorph 2PF-C
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-15730, PDB-8az2:
IAPP S20G growth-phase fibril polymorph 3PF-CU
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15731, PDB-8az3:
IAPP S20G growth-phase fibril polymorph 4PF-CU
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-15753, PDB-8az4:
IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 2PF-L
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-15754, PDB-8az5:
IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-CU
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-15755, PDB-8az6:
IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-15756, PDB-8az7:
IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LJ
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid (アミロイド) / fibril (フィブリル) / helical / cross-beta / amylin (アミリン (ホルモン)) / polymorph / islet / Diabetes (糖尿病)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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