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タイトルA succession of two viral lattices drives vaccinia virus assembly.
ジャーナル・号・ページPLoS Biol, Vol. 21, Issue 3, Page e3002005, Year 2023
掲載日2023年3月2日
著者Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way /
PubMed 要旨During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped ...During its cytoplasmic replication, vaccinia virus assembles non-infectious spherical immature virions (IV) coated by a viral D13 lattice. Subsequently, IV mature into infectious brick-shaped intracellular mature virions (IMV) that lack D13. Here, we performed cryo-electron tomography (cryo-ET) of frozen-hydrated vaccinia-infected cells to structurally characterise the maturation process in situ. During IMV formation, a new viral core forms inside IV with a wall consisting of trimeric pillars arranged in a new pseudohexagonal lattice. This lattice appears as a palisade in cross-section. As maturation occurs, which involves a 50% reduction in particle volume, the viral membrane becomes corrugated as it adapts to the newly formed viral core in a process that does not appear to require membrane removal. Our study suggests that the length of this core is determined by the D13 lattice and that the consecutive D13 and palisade lattices control virion shape and dimensions during vaccinia assembly and maturation.
リンクPLoS Biol / PubMed:36862727 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度19.2 - 30.6 Å
構造データ

EMDB-15596: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, all virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.2 Å

EMDB-15597: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, from CEVs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.2 Å

EMDB-15598: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, from IMVs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.1 Å

EMDB-15599: In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) palisade, from IEVs
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.6 Å

EMDB-15600: Cryotomogram of Vaccinia virus (WR) infected HeLa cell (immature virions)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15601: Cryotomogram of Vaccinia virus (WR) infected HeLa cell (mature virions)
手法: EM (トモグラフィー)

15602

8arh

EMDB-15602, PDB-8arh:
In situ subtomogram average of Vaccinia virus (WR) D13 lattice, on immature virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.2 Å

由来
  • vaccinia virus wr (ウイルス)
キーワードVIRUS / Palisade / Lattice / A4

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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