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Structure paper

タイトルStructure of the HOPS tethering complex, a lysosomal membrane fusion machinery.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年9月13日
著者Dmitry Shvarev / Jannis Schoppe / Caroline König / Angela Perz / Nadia Füllbrunn / Stephan Kiontke / Lars Langemeyer / Dovile Januliene / Kilian Schnelle / Daniel Kümmel / Florian Fröhlich / Arne Moeller / Christian Ungermann /
PubMed 要旨Lysosomes are essential for cellular recycling, nutrient signaling, autophagy, and pathogenic bacteria and viruses invasion. Lysosomal fusion is fundamental to cell survival and requires HOPS, a ...Lysosomes are essential for cellular recycling, nutrient signaling, autophagy, and pathogenic bacteria and viruses invasion. Lysosomal fusion is fundamental to cell survival and requires HOPS, a conserved heterohexameric tethering complex. On the membranes to be fused, HOPS binds small membrane-associated GTPases and assembles SNAREs for fusion, but how the complex fulfills its function remained speculative. Here, we used cryo-electron microscopy to reveal the structure of HOPS. Unlike previously reported, significant flexibility of HOPS is confined to its extremities, where GTPase binding occurs. The SNARE-binding module is firmly attached to the core, therefore, ideally positioned between the membranes to catalyze fusion. Our data suggest a model for how HOPS fulfills its dual functionality of tethering and fusion and indicate why it is an essential part of the membrane fusion machinery.
リンクElife / PubMed:36098503 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.89 - 5.0 Å
構造データ

EMDB-14964: HOPS tethering complex from yeast, composite map
PDB-7zu0: HOPS tethering complex from yeast
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-14965: HOPS tethering complex from yeast, consensus map covering the upper part of the complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-14966: HOPS tethering complex from yeast, consensus map covering the bottom part of the complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-14967: HOPS tethering complex from yeast, local refinement map of the SNARE-binding module
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-14968: HOPS tethering complex from yeast, local refinement map of the backbone part of the complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-14969: HOPS tethering complex from yeast, local refinement map of the bottom part of the complex (Vps18)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-14970: HOPS tethering complex from yeast, local refinement map of the bottom part of the complex (Vps39)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

PDB-7zty:
Structure of Vps39 N-terminal domain from Chaetomium thermophilum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • chaetomium thermophilum (菌類)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / tethering / membrane fusion / GTPase effector / HOPS / CYTOSOLIC PROTEIN / tethering complex / lysosome / Rab GTPase / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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